针对您提出的“农用车运输柴油怎么处罚车辆”的问题，这确实是一个涉及多个法律法规的复杂问题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答：

一、主要法律依据及处罚措施

1. 未取得危险货物运输许可：

   • 如果农用车未取得道路危险货物运输许可而擅自运输柴油，根据《道路危险货物运输管理规定》第五十七条，将由县级以上道路运输管理机构责令停止运输经营，没收违法所得，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。若没有违法所得或违法所得不足2万元，则处3万元以上10万元以下的罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

2. 违反危险化学品运输安全管理规定：

   • 在运输柴油过程中，如果未配备押运人员、未报告长时间停车情况，或在运输途中发生丢失、被盗、被抢或流散泄露等情况未采取必要措施或不报告，根据《危险化学品安全管理条例》第八十八条，将由公安机关责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款。若构成治安管理行为，还将给予治安管理处罚；若构成犯罪，将依法追究刑事责任。

3. 违反治安管理处罚法：

   • 依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第三十条，违规制造、买卖、储存、运输柴油等危险物质的，可处十日以上十五日以下拘留；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留。

4. 特殊区域违规进入：

   • 如果运输柴油的车辆未经公安机关批准进入限制通行区域，同样将由公安机关责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款。

二、刑事处罚的潜在风险

除了上述行政处罚外，违规运输柴油还可能涉及刑事处罚，如走私罪、非法经营罪、危险作业罪与危险驾驶罪等。这些罪名的成立和处罚将依据具体违法行为的性质、情节及后果等因素综合裁定，可能面临有期徒刑、拘役、罚金或没收财产等严厉处罚。

三、特殊情况的处理

对于某些特殊情况，如农户因农机加油需求而少量运输柴油等，虽然违反了相关规定，但在执法过程中可能会考虑实际情况和危害性后果。如果违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，可能不予行政处罚。但这并不意味着可以随意违规运输柴油，因为一旦发生事故或造成严重后果，将面临严厉的法律制裁。

四、建议与总结

综上所述，农用车运输柴油的处罚涉及多个法律法规，包括行政处罚和刑事处罚两大类。具体处罚措施将根据违法行为的性质、情节及后果等因素综合裁定。因此，我强烈建议相关从业人员严格遵守相关法律法规，确保柴油运输的安全与合法。如果确实需要运输柴油，应提前办理相关许可手续，并配备必要的押运人员和安全措施，以避免不必要的法律风险和安全隐患。