在中介合同纠纷中，委托公证机构的选择通常是由委托人决定的，而非中介。以下是对这一问题的详细分析：

一、委托公证机构选择的法律原则

在法律关系中，委托人作为合同的一方，享有自主选择服务提供者的权利，这包括选择公证机构的权利。公证机构的选择应当基于委托人的意愿和需求，以确保公证服务的公正性、独立性和专业性。中介作为合同另一方，其主要职责是提供中介服务，如介绍、协调等，并不具备决定委托人选择公证机构的权力。

二、中介在公证机构选择中的角色

1. 建议权：中介可以根据其专业知识和经验，向委托人提供关于公证机构的选择建议。然而，这种建议仅供委托人参考，并不构成决定性的影响。
2. 协助义务：在委托人选定公证机构后，中介可以协助委托人办理与公证相关的手续，如提供必要的文件、信息等。但这并不意味着中介有权决定公证机构的选择。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确约定：在签订中介合同时，双方应当明确约定公证机构的选择方式。如果合同中没有明确约定，则应当遵循法律原则，即由委托人自主选择公证机构。
2. 避免纠纷：为了避免因公证机构选择问题而引发的纠纷，双方应当在合同中详细规定相关条款，包括公证机构的资质要求、选择程序、费用承担等。
3. 尊重委托人意愿：中介应当尊重委托人的意愿和选择，不得强迫或诱导委托人选择特定的公证机构。如果中介存在不当行为，委托人有权向相关部门投诉或寻求法律救济。

四、法律后果

如果中介未经委托人同意，擅自决定公证机构的选择，并因此给委托人造成损失的，中介应当承担相应的法律责任。这包括赔偿委托人因此遭受的直接经济损失和间接经济损失等。

总结来说，在中介合同纠纷中，委托公证机构的选择应当由委托人自主决定。中介可以提供建议和协助，但不得干涉或决定委托人的选择。如果双方在合同中没有明确约定公证机构的选择方式，则应当遵循法律原则进行处理。如果您在中介合同纠纷中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。