新世纪医疗被收购后，员工处理方式需根据收购类型、劳动合同履行情况及法律法规综合判断，具体如下：
劳动合同的继续履行
根据《劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或分立等情形的，原劳动合同继续有效，由承继其权利义务的用人单位继续履行。若收购为资产收购（仅收购资产不承接债务及人员），则原劳动合同可能因用人单位主体变更而需重新签订，但员工有权拒绝并主张原合同权益；若为股权收购（仅股东变更，公司主体不变），则劳动合同不受影响，员工岗位、待遇等原则上应保持不变。
经济补偿与协商解除
若收购方因业务调整需裁员，需符合《劳动合同法》第四十一条规定的程序性条件（如提前三十日向工会或全体职工说明情况、听取意见、向劳动行政部门报告等），并依法支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。若员工主动提出解除合同，则通常无补偿，但若收购导致劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化（如工作地点、岗位大幅调整），员工可依据第三十八条主张被迫解除并要求补偿。
特殊群体保护
对“三期”女职工、医疗期员工、工伤职工等特殊群体，收购方需延续原劳动合同中的特殊保护条款（如不得随意解除、保障待遇等），否则可能面临违法解除的赔偿风险（标准为经济补偿的二倍）。
员工权益的主动主张
员工应关注收购公告中的员工安置方案，若方案降低原劳动合同条件（如降薪、调岗），可拒绝并要求按原合同履行；若协商不一致，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，建议员工保留工资条、劳动合同、工作证明等证据，以备维权之需。
建议：若您是新世纪医疗员工，可结合收购具体方案（如是否承接人员、岗位调整幅度等）评估自身权益，必要时直接向我咨询具体法律应对策略。