即使购买二手车的合同丢失，且已经过去两年才发现所购车辆是事故车，你仍然可以通过多种途径来维护自己的合法权益。以下是从不同角度为你提供的详细分析和建议：
一、收集证据，证明购车事实及车辆状况
在合同丢失的情况下，证明购车事实及车辆状况是关键。你可以通过以下方式收集证据：
交易记录：查找银行转账、第三方支付平台（如微信、支付宝）的转账记录，这些记录包含交易时间、金额及对方账户信息，能证明交易存在。同时，保存付款收据，收据上可能记载车辆信息，进一步佐证交易。
沟通记录：回顾与卖家的微信、短信、电话录音等沟通记录，尤其是卖家对车辆情况的描述或承诺。如果通过中介购车，中介的沟通记录也可能提供有用信息。
车辆相关资料：查找车辆的行驶证、保险单等，保险单可能记录车辆出险情况。同时，尝试获取车辆的维修保养记录，4S店或维修厂可能留存事故维修记录。
重新签订合同或获取复印件：尝试联系卖家或车商，看是否能重新签订购车合同或提供合同复印件。虽然这可能比较困难，但值得一试。
二、确定车辆为事故车的依据
为了证明车辆是事故车，你需要提供专业的鉴定报告或其他有力证据：
专业鉴定：委托有资质的第三方鉴定机构进行车辆鉴定，获取专业权威的鉴定报告。这是最直接、最有力的证据。
其他证明：如果无法获取专业鉴定报告，你可以尝试收集维修师傅的证言、车辆照片、维修记录等作为辅助证据。这些证据虽然不如专业鉴定报告权威，但在一定程度上也能证明车辆的事故情况。
三、与卖家协商解决
在收集到足够证据后，首先尝试与卖家协商解决。你可以依据《消费者权益保护法》等相关法律法规，要求卖家退款、赔偿等。协商过程中，保留好沟通记录，以防后续需要。
四、法律途径解决
如果协商无果，你可以通过以下法律途径来维护自己的权益：
向消协投诉：向当地消费者协会投诉，利用其资源和经验进行调解。消费者协会可能会介入调查，并帮助你与卖家进行协商。
向市场监管部门投诉：市场监管部门也有权对卖家的行为进行调查和调解。你可以向当地的市场监管部门投诉，并提供相关证据。
提起诉讼：如果以上途径均无法解决问题，你可以准备齐全证据，起草起诉状，向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明卖家存在欺诈行为。如果法院认定卖家存在欺诈，你可以依据《消费者权益保护法》要求退一赔三。
五、预防措施与后续建议
为了避免类似情况再次发生，以及更好地维护自己的权益，我建议你采取以下预防措施：
最后，我想强调的是，即使购车合同丢失，你仍然有多种途径可以维护自己的合法权益。关键在于及时收集证据，并采取正确的行动。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。