结论：在判决房产开发公司协助办理不动产权证书的情况下，执行时是否应裁定过户，需根据具体情况判断。若房产已具备过户条件且无其他障碍，通常应裁定过户；若存在特殊情况，则可能需采取其他执行措施。
详细分析：
房产具备过户条件的情况：
- 当法院判决房产开发公司协助办理不动产权证书，且该房产已经满足过户的所有条件（如已竣工验收、无产权纠纷、已缴纳相关税费等），那么在执行过程中，法院通常会直接裁定将房产过户至权利人名下。这是最直接、最有效的执行方式，能够确保权利人的合法权益得到及时实现。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，执行法院有权根据判决内容，采取必要的执行措施，包括裁定过户等，以确保判决的履行。
房产存在特殊情况的情况：
- 如果房产存在某些特殊情况，如尚未竣工验收、存在产权纠纷、未缴纳相关税费等，导致无法直接过户，那么执行法院可能不会直接裁定过户。此时，法院可能会采取其他执行措施，如责令房产开发公司限期完成相关手续、缴纳税费等，或者对房产进行查封、拍卖等，以保障权利人的利益。
- 特殊情况处理：在处理这类特殊情况时，执行法院会综合考虑各种因素，包括房产的实际状况、权利人的利益保护、执行效率等，以作出最合理的执行决定。
执行过程中的注意事项：
- 在执行过程中，执行法院会严格遵循法定程序，确保执行行为的合法性和正当性。同时，执行法院也会积极与房产开发公司、权利人等相关方进行沟通协调，以促成房产的顺利过户。
- 权利人配合：权利人在执行过程中也应积极配合法院的工作，提供必要的资料和协助，以加快执行进程。如果权利人因自身原因导致执行受阻，可能会承担相应的法律责任。
建议：
- 如果您作为权利人遇到了房产开发公司不协助办理不动产权证书的情况，并已经获得了法院的判决支持，那么在执行过程中，您可以积极与执行法院沟通，了解执行进展和可能遇到的问题。
- 如果房产存在特殊情况导致无法直接过户，您可以与执行法院和房产开发公司协商解决方案，如分期缴纳税费、限期完成竣工验收等，以促成房产的顺利过户。
- 在整个执行过程中，您都可以咨询我，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。