施工许可证上的合同金额是否包含设计费，需分情况讨论，具体如下：

1. 若设计费已纳入施工总承包合同金额
   根据《建筑工程施工许可管理办法》第四条，施工许可证申请时需提交“已确定建筑施工企业的证明文件”（如施工总承包合同）。若设计费已作为工程总价的一部分写入该合同（例如EPC总承包模式中设计、采购、施工一体化报价），则施工许可证上的合同金额包含设计费。此时设计费与施工费合并计算，作为工程总造价的组成部分。

2. 若设计费与施工费分别签订合同
   若建设单位与设计单位单独签订设计合同，与施工单位签订施工合同，则施工许可证仅针对施工合同申请。此时施工许可证上的合同金额不包含设计费，仅体现施工部分的造价。设计合同需另行备案或管理，不纳入施工许可证的金额范围。

3. 地方性规定的特殊情形
   部分地区可能对施工许可证的金额申报有细化要求（如要求单独列明设计费、设备费等）。例如，若地方规定要求施工许可证中明确“不含设计费的施工造价”，则需按地方规定执行。建议结合项目所在地的《建筑工程施工许可实施细则》或咨询当地住建部门确认。

实务建议：

• 核对施工总承包合同的条款，确认设计费是否已纳入合同总价；
  
• 若涉及分阶段签约（设计合同+施工合同），需分别管理合同文件及备案手续；
  
• 如有地方性特殊要求，提前与审批部门沟通，避免因金额申报问题影响许可证办理。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方式。