当别人的车由你驾驶并闯红灯时，扣分通常扣在实际驾驶人（即你）身上，但具体扣分对象需根据违章查处方式及是否能确定实际驾驶人来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 能明确驾驶人情况下的处理：

   • 如果闯红灯的违章行为被交警当场查处，或者电子眼抓拍的违章照片能够清晰辨认出实际驾驶人是你，那么扣分将直接记录在你的驾驶证上。这是因为交通违法行为的处罚是针对具体的驾驶者的，与车辆的所有权无关。
   • 在这种情况下，罚款也通常由你缴纳，相应的记分也会记在你的驾驶证上。

2. 无法明确驾驶人情况下的处理：

   • 若电子眼拍摄的资料不能清晰显示谁是当时的驾驶者，由于车辆违章，按照规定，车主（即车辆所有者）可能需要承担处理违章的责任。但车主有权选择让实际驾驶人（即你）去处理违章。
   • 在这种情况下，你可以选择自己拿着行驶证和驾驶证去处理违章，那么扣分就会记在你的驾驶证上；或者让车主协助你，拿着你的驾驶证和车主的行驶证去处理，这样扣分就会记在你的驾驶证上，但处理过程可能需要车主的配合。
   • 需要注意的是，一辆车最多可以使用三本驾驶证来处理违章扣分，一本驾驶证最多只能为三辆车处理违章。这是为了防止替人顶分、买卖分等违法行为的发生。一旦被发现存在这些行为，可能面临罚款、暂扣驾驶证甚至拘留等处罚。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。同时，依据《道路交通安全违法行为记分分值》，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的（即闯红灯），一次记6分。
• 无论是车主还是驾驶人，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。在借用他人车辆时，双方应明确责任划分，避免因违章行为导致不必要的纠纷。
• 如遇违章行为被误扣分的情形，你或车主应及时向交警部门提供相关证据，如行车记录仪视频、相关时间段你在场的证明等，以维护自身合法权益。

可能产生的法律后果：

• 如果未按规定处理违章，可能会面临罚款、驾驶证扣分、甚至影响驾驶证的审验和换证等后果。
• 如果存在替人顶分、买卖分等违法行为，一旦被发现，将面临更严厉的处罚，包括罚款、暂扣驾驶证、拘留等。

综上所述，当别人的车由你驾驶并闯红灯时，扣分通常扣在实际驾驶人身上。但为了避免不必要的纠纷和法律后果，建议你和车主在借用车辆前明确责任划分，并严格遵守交通规则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。