结论：贪污被抓后，名下账户只有几千元，是否能追回贪污款项，需结合贪污款项的去向、是否被转移或隐匿、以及司法机关的侦查和追缴情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、贪污款项的追缴原则
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。这一原则为贪污款项的追缴提供了法律依据。
二、名下账户资金与贪污款项的关系
若名下几千元为贪污所得：
- 如果这几千元确实是贪污所得的一部分，且未被转移或隐匿，那么司法机关在侦查过程中会依法进行追缴。
- 追缴的款项将上缴国库，而非直接返还给原单位或个人（除非原单位或个人是明确的被害人，且款项属于其合法财产）。
若名下几千元为合法收入：
- 如果这几千元是您的合法收入，与贪污行为无关，那么这部分资金不会被追缴。
- 司法机关在追缴贪污款项时，会严格区分合法财产与违法所得，确保不会侵犯您的合法权益。
三、贪污款项的转移与隐匿情况
款项已被转移或隐匿：
- 如果贪污款项已被您或他人转移至其他账户、藏匿于隐蔽场所，或通过其他方式进行了处置，那么司法机关在侦查过程中会尽力追查这些款项的下落。
- 一旦发现被转移或隐匿的款项，司法机关将依法进行追缴。
款项无法追回：
- 如果由于各种原因（如款项已被挥霍、无法找到等），导致贪污款项无法追回，那么您可能仍需承担刑事责任，但无法追回的款项不会从您名下的合法财产中扣除。
- 在这种情况下，您可能需要通过其他方式（如赔偿、罚金等）来承担法律责任。
四、司法机关的侦查与追缴程序
侦查阶段：
- 司法机关在侦查过程中，会依法对您的财产状况进行调查，包括银行账户、房产、车辆等。
- 如果发现贪污款项的线索，司法机关会立即采取措施进行追缴。
审判阶段：
- 在审判过程中，法院会根据侦查机关提供的证据和事实，判决您是否构成贪污罪以及应承担的法律责任。
- 如果判决您构成贪污罪，并应追缴违法所得，那么法院会依法作出追缴判决。
执行阶段：
- 在判决生效后，司法机关会依法执行追缴判决，将追缴到的款项上缴国库。
五、建议与注意事项
积极配合司法机关：
- 在侦查、审判和执行过程中，您应积极配合司法机关的工作，如实提供财产状况和相关线索。
- 配合司法机关的工作有助于加快案件的审理进程，并可能对您从轻或减轻处罚产生积极影响。
咨询专业律师（此处虽为通用建议，但针对您的情况，我作为专业律师可提供更具体指导）：
- 在处理此类案件时，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
- 我作为专注于刑事辩护领域的律师，可以为您提供全面的法律咨询和辩护服务。
关注案件进展：
- 您应密切关注案件的进展情况，及时了解司法机关的侦查、审判和执行动态。
- 这有助于您及时了解自己的法律责任和可能面临的法律后果。
最后，贪污被抓后名下账户只有几千元是否能追回贪污款项，需结合多方面因素综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。