结论：帮信罪案件中，即使涉案金额三万元的款项“不在了”（可能指被转移、挥霍或无法追回），司法机关仍会继续追查，但追查的重点和可能的结果会因具体情况而异。以下从多个角度进行分析：

一、司法机关的追查义务与目的

1. 追查义务：司法机关在办理刑事案件时，有义务查明案件事实，包括犯罪行为的实施、犯罪所得的流向等。这是确保案件公正处理、维护法律尊严的必要步骤。
2. 追查目的：追查的主要目的是收集证据，证明犯罪嫌疑人的罪行，并追回犯罪所得，以维护受害人的合法权益。即使款项“不在了”，司法机关仍需通过追查来确认款项的去向，以及是否存在其他犯罪行为或共犯。

二、款项“不在了”的可能情况与影响

1. 款项被转移或挥霍：如果款项已被犯罪嫌疑人转移或挥霍，司法机关会通过调查银行流水、交易记录等证据，来追踪款项的去向。虽然款项可能无法直接追回，但犯罪嫌疑人的行为仍会受到法律的制裁。
2. 款项被隐藏或藏匿：如果款项被犯罪嫌疑人隐藏或藏匿，司法机关会采取搜查、扣押等措施，尽力查找并追回款项。同时，犯罪嫌疑人的藏匿行为也可能构成其他犯罪，如掩饰、隐瞒犯罪所得罪等。
3. 对案件处理的影响：款项“不在了”并不影响对犯罪嫌疑人的定罪量刑。帮信罪的成立主要依据是犯罪嫌疑人是否为他人利用信息网络实施犯罪提供了技术支持或帮助，以及是否达到了情节严重的程度。款项的追回情况更多影响的是受害人的损失赔偿和犯罪嫌疑人的退赃情节，从而在一定程度上影响量刑。

三、司法机关可能采取的措施

1. 继续调查：司法机关会继续调查款项的去向，收集相关证据，以查明案件事实。
2. 追缴赃款：如果款项被追回或犯罪嫌疑人自愿退赃，司法机关会依法追缴并返还给受害人。
3. 加强打击力度：对于涉及帮信罪的犯罪团伙或网络犯罪链条，司法机关会加强打击力度，深挖彻查，以维护网络安全和社会秩序。

四、对犯罪嫌疑人的建议

1. 主动配合调查：犯罪嫌疑人应主动配合司法机关的调查工作，如实供述自己的罪行和款项的去向，以争取从轻或减轻处罚。
2. 积极退赃：如果犯罪嫌疑人有能力退赃，应积极退赃以弥补受害人的损失，这有助于在量刑时获得从宽处理。
3. 寻求法律帮助：犯罪嫌疑人可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果，从而更好地应对司法机关的调查和审判。

最后，帮信罪案件中即使款项“不在了”，司法机关仍会继续追查。犯罪嫌疑人应主动配合调查、积极退赃，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果您或您身边的人涉及此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。