在分别财产制下，原则上不存在共同财产的分配问题，因为分别财产制的核心就是夫妻双方各自管理、处分自己的财产，财产归属清晰明确。但若存在特殊情形导致有共同财产需要分配，则需根据具体情况判断分配方式，具体如下：
分别财产制的基本原则与财产归属
分别财产制是指夫妻双方在婚姻关系存续期间，各自所得的财产归各自所有，包括婚前财产和婚后所得财产，均不因婚姻关系的延续而转化为共同财产。在这种制度下，夫妻双方对自己的财产享有独立的占有、使用、收益和处分的权利，无需与对方分享。因此，在正常情况下，分别财产制下不存在共同财产的分配问题。
特殊情形下的共同财产分配
- 约定共同财产部分：虽然夫妻双方选择了分别财产制，但如果在婚姻关系存续期间，双方通过书面协议约定将部分或全部财产转为共同共有，那么这部分财产就成为了共同财产。在分配时，应首先遵循双方的约定；如果约定不明确或没有约定，则可以根据《民法典》中关于共同财产分配的原则，如照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行分配。
- 混合财产情况：在某些情况下，夫妻双方的财产可能存在混合，即部分财产属于个人财产，部分财产属于共同财产（尽管在分别财产制下这种情况较为少见，但并非不可能）。对于这种情况，需要先对财产进行清晰界定，明确哪些属于个人财产，哪些属于共同财产。对于共同财产部分，同样可以参照上述原则进行分配。
- 法律特别规定：在某些特定情况下，法律可能对分别财产制下的财产分配作出特别规定。例如，如果一方在婚姻关系存续期间对家庭付出了较多义务（如抚养子女、照顾老人等），那么在离婚时，即使双方选择的是分别财产制，该方也有权请求另一方给予一定的经济补偿。这种补偿并非基于共同财产的分配，而是基于法律对家庭义务承担者的特殊保护。