取保候审保证金交两万退一万，通常意味着部分保证金被依法没收，具体原因可能包括以下几种情况：

1. 违反取保候审规定
   根据《刑事诉讼法》第七十一条，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人若违反以下规定，司法机关可没收部分或全部保证金：
   

• 未经批准离开所居住的市、县；
  
• 传讯时未及时到案；
  
• 干扰证人作证、毁灭证据；
  
• 再次实施犯罪等。
  若您或家属在取保期间存在上述行为，司法机关可能根据情节轻重决定没收部分保证金（如退还一万，没收一万）。

1. 保证金数额调整
   取保候审保证金需根据犯罪性质、情节、社会危险性等因素综合确定。若最初缴纳两万后，司法机关认为数额过高，可能依法调整为更低标准（如一万），并退还多余部分。但此情况需以书面决定为准，且调整程序需符合法律规定。

2. 程序性或计算错误
   极少数情况下，可能因司法机关操作失误（如金额计算错误、文书填写错误）导致退还金额不符。此时可要求司法机关出具书面说明，并依法申请复核或申诉。

建议行动步骤：

1. 核实决定文书：要求司法机关出具《没收保证金决定书》或《退还保证金通知书》，明确没收或退还的法律依据及金额计算方式。
   
2. 提出异议：若认为没收决定违法或金额有误，可在收到决定书后5日内向作出决定的机关申请复议，或向上一级机关申请复核。
   
3. 咨询专业意见：若对法律程序或证据认定存在疑问，可携带相关文书材料，进一步向我咨询具体应对方案。

温馨提示：取保候审保证金的管理需严格遵循《刑事诉讼法》及司法解释，司法机关的每一项决定均需有明确法律依据。若您或家属遇到此类情况，务必及时核实决定合法性，避免权益受损。如有其他疑问，欢迎随时向我提问。