在法律上，并没有一个统一的、直接规定“有疑问时应做什么推定有利于行为人”的条款。不过，我们可以从法律原则和具体法律条文的角度，来探讨这个问题在不同情境下的应用。

1. 法律原则层面：

   • 疑罪从无原则：在刑事诉讼中，当证据不足以证明被告人有罪时，应推定被告人无罪。这一原则体现了对被告人权益的保护，确保在证据不足的情况下，不轻易对被告人定罪。虽然它直接应用于刑事诉讼，但背后的理念——即在有疑问时倾向于保护相对弱势的一方——在民事法律领域也有一定的借鉴意义。
   • 公平原则：在民事法律关系中，公平原则要求当事人在民事活动中应秉持公平、公正的态度，合理确定各方的权利和义务。当合同条款存在歧义或不明确时，法院或仲裁机构可能会根据公平原则，倾向于作出对一方当事人更为有利的解释，但这并非绝对，还需结合其他因素综合考量。

2. 具体法律条文层面：

   • 《民法典》中的格式条款解释规则：在合同纠纷中，如果合同中的格式条款存在两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。这一规定体现了在合同解释上的“不利解释原则”，即在有疑问时，倾向于保护相对弱势的合同当事人（通常是非格式条款提供方）的利益。例如，在消费者与商家的合同中，如果商家提供的格式条款存在歧义，法院或仲裁机构可能会倾向于作出对消费者有利的解释。
   • 《民法典》中的善意取得制度：在物权法领域，善意取得制度规定，如果受让人在受让不动产或动产时是善意的（即不知情且无重大过失），且以合理的价格转让，并已经登记或交付，那么受让人可以取得该不动产或动产的所有权。这一制度虽然不直接涉及“有疑问时的推定”，但体现了法律在保护善意第三人利益方面的倾向。在类似情境下，如果存在疑问或争议，法律可能会倾向于保护那些基于善意而行为的人。

3. 实践应用中的考量：

   • 在具体案件中，法院或仲裁机构在作出推定时，会综合考虑多种因素，包括合同的具体条款、当事人的行为、交易习惯、行业惯例以及公平原则等。因此，不能简单地认为在所有有疑问的情况下都会作出有利于行为人的推定。
   • 此外，不同法律领域（如刑事、民事、商事等）和不同具体情境下的推定规则可能有所不同。因此，在具体案件中，需要结合相关法律法规和案件事实进行具体分析。

总结来说，法律上并没有一个统一的、直接规定“有疑问时应做什么推定有利于行为人”的条款。但在具体法律原则和条文中，我们可以找到一些倾向于保护相对弱势一方或善意第三人的规则。在处理合同纠纷或其他法律问题时，如果遇到有疑问的情况，建议结合具体法律法规和案件事实进行综合分析，并寻求专业法律意见。有问题直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的解答。