当您遇到借据申请还款超期的情况时，可以按照以下步骤来处理，以有效维护自身权益：
一、针对超过约定还款期限的情况
友好沟通协商：
- 首先，与债务人取得联系，以友好的态度提醒其还款义务，并了解未按时还款的具体原因。
- 如果债务人表示面临暂时性的资金困难，您可以与其协商制定一个新的还款计划，明确新的还款时间节点和金额，以便双方都能接受。
- 在协商过程中，务必保留好聊天记录、通话录音等证据，以备后续可能出现的纠纷。
发送正式催款函：
- 如果协商未能达成一致，您可以以书面形式发送催款函给债务人。催款函中应明确指出借款事实、金额、原约定的还款期限以及您设定的最后还款期限。
- 为了确保催款函的法律效力，建议您通过邮政特快专递（EMS）发送，并在快递单上明确注明“催款函”字样。同时，保留好快递底单和查询记录，作为后续证据。
申请支付令：
- 在符合条件的情况下，您可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令。支付令是一种法律文书，要求债务人在规定期限内清偿债务或提出异议。
- 申请支付令时，您需要提交一份详细的申请书，写明请求给付的金额和所根据的事实、证据。法院在审查后，会发出支付令给债务人。
提起诉讼：
- 如果上述方法均未能解决问题，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求债务人履行还款义务。
- 在提起诉讼时，您需要提供借款借据、转账记录等相关证据来支持您的主张。法院在判决后，如果债务人仍未还款，您可以申请强制执行，通过冻结银行账户、查封财产等方式来实现债权。
考虑财产保全措施：
- 在诉讼过程中，为了确保判决生效后能顺利执行，您可以考虑申请财产保全措施。这可以防止债务人在诉讼期间转移或隐匿财产，从而保障您的债权得以实现。
二、针对超过诉讼时效的情况
争取债务人自愿还款：
- 即使超过了诉讼时效，您的实体权利并未消灭。您仍然可以尝试与债务人沟通，争取其自愿还款。
与债务人达成还款协议：
- 如果债务人愿意就原债务达成新的还款协议，那么该协议将受到法律保护。您可以依据新协议来要求债务人履行还款义务。
保留债务人同意履行的证据：
- 如果债务人未自愿还款或签订还款协议，但在您主张权利时表示同意履行债务，那么诉讼时效将重新计算。
- 您需要保留好书面、口头等形式的同意履行债务的证据，如催款函上的签字确认、短信或微信回复等。
尝试中断诉讼时效：
- 您还可以通过要求债务人出具还款计划、对账并双方签字或盖章、寻找第三方作为催讨债务的见证人等方式来中断诉讼时效，从而重新计算时效期间。
总结与建议
面对借据申请还款超期的情况，您应首先尝试通过沟通和协商来解决问题。如果无果，则依次采取发送催款函、申请支付令、提起诉讼等法律手段来维护自身权益。同时，务必注意保留好相关证据，以确保在必要时能证明自己的权益。在整个过程中，保持冷静和理性，并考虑寻求专业法律意见，将是确保您权益得到有效保护的关键。