公司员工若不配合市场监督管理局的调查，可能会面临一系列法律后果，这些后果主要取决于员工的具体行为性质、情节严重程度以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、行政责任
警告或罚款：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关市场监管领域的法律法规，如果员工不配合调查，市场监督管理局有权视情节轻重给予警告或罚款的行政处罚。罚款的数额会根据具体违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合确定。
强制措施：
- 在特定情况下，如员工拒不配合调查且情节严重，市场监督管理局可能采取进一步的强制措施，如查封、扣押相关证据材料或经营场所等，以确保调查的顺利进行。
二、刑事责任（若行为构成犯罪）
妨害公务罪：
- 如果员工以暴力、威胁方法阻碍市场监督管理局工作人员依法执行职务，且情节严重，可能构成妨害公务罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十七条的规定，犯妨害公务罪的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
其他相关犯罪：
- 如果员工的不配合行为还涉及其他违法犯罪活动，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章等，还可能构成其他相关犯罪，并受到相应的刑事处罚。
三、对公司的连带影响
公司声誉受损：
- 员工不配合市场监督管理局调查的行为可能损害公司的声誉和形象，影响公司在市场上的竞争力和信誉度。
公司可能面临更严格的监管：
- 如果员工的不配合行为被市场监督管理局认定为公司管理不善或存在违法违规行为，公司可能面临更严格的监管措施，如增加检查频次、限制经营等。
四、法律建议
积极配合调查：
- 作为公司员工，应当积极配合市场监督管理局的调查工作，如实提供相关信息和证据材料，以维护公司的合法权益和声誉。
及时咨询专业律师：
- 如果员工对市场监督管理局的调查存在疑问或担忧，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。
加强公司内部管理：
- 公司应加强内部管理，建立健全的合规制度和流程，确保员工了解并遵守相关法律法规和监管要求，减少因员工不配合调查而引发的法律风险。
综上所述，公司员工不配合市场监督管理局调查的法律后果可能涉及行政责任、刑事责任以及对公司的连带影响。因此，建议员工积极配合调查工作，公司也应加强内部管理以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。