结论前置：合同一式两份但只有一份签字，在合同内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规强制性规定的前提下，该合同仍然是有效的。不过，为了更有效地保障双方权益，建议尽量签署一式两份或多份合同，并分别由各方保管。

从合同成立与生效的法律角度分析

1. 合同成立：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的订立可以采用书面形式、口头形式或其他形式。书面形式包括合同书、信件等可以有形表现所载内容的形式。因此，即使合同只有一份被签字，但只要双方当事人就合同的主要条款达成一致意见，并且有证据证明另一方对合同内容认可并作出了受合同约束的意思表示（如已按合同约定履行部分义务），那么该合同即视为成立。

2. 合同生效：

   • 合同的生效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。若合同满足这些条件，即使只有一份被签字，也是有效的，并对双方当事人均具有法律约束力。双方都应按照合同约定履行各自的义务。

从风险防控与实践操作角度考虑

• 风险防控：虽然从法律上讲，只签署一份合同并不影响其效力，但从实际操作和风险防控的角度来看，制作一式两份或多份合同并分别由各方保管，可以更有效地防止合同丢失、损坏或被篡改。这样做能在发生争议时提供更充分的证据支持，从而更好地保护双方的合法权益。

• 实践操作建议：

  • 在签订合同时，应确保合同内容完整、清晰，并涵盖所有必要的条款和细节。
  • 尽量让双方在一式两份或多份的合同上都签字，并各自留存一份作为凭证。
  • 如果只能签署一份合同，应确保该合同的原件能够被妥善保存，并在需要时能够提供足够的证据来证明合同的内容和双方的约定。例如，可以通过拍照、复印或扫描等方式留存合同副本，以备不时之需。

特殊情况下的考虑

• 如果未签字的那一方否认合同内容：在这种情况下，已签字的一方可能需要提供其他证据来证明合同的内容和双方的约定，如聊天记录、邮件往来、转账记录等。这些证据可以辅助证明双方确实就合同内容达成了一致意见。

• 如果合同涉及重要权益或大额交易：在这种情况下，建议更加谨慎地处理合同签署事宜。除了签署一式两份或多份合同外，还可以考虑对合同进行公证或见证，以增加合同的法律效力和可信度。

综上所述，合同一式两份但只有一份签字在法律上是有效的，但为了更好地保障双方的权益和减少潜在的纠纷风险，在实际操作中还是建议尽量遵循惯例，制作和签署一式两份或多份合同。如果您在合同签署或履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，欢迎直接向我咨询。