关于电瓶车后备箱装电瓶是否违规以及如何处罚的问题，这主要取决于具体的改装行为是否违反了当地的相关法律法规。以下是一些详细的分析和解答：

一、是否违规

1. 改装行为定义：根据《广州市非机动车和摩托车管理规定》以及《北京市非机动车管理条例》等相关法规，任何对电动自行车进行拼装、非法加装或改装的行为，包括但不限于更换与产品合格证信息不一致的蓄电池、加装车篷、座位等设备或装置，以及改变车辆的结构、构造、特征等，均被视为违规行为。

2. 后备箱装电瓶的情况：如果电瓶车的后备箱原本设计并非用于安装电瓶，而您擅自将电瓶安装在其中，这很可能被视为对车辆结构的改变或非法加装，从而构成违规。特别是当这种改装影响了车辆的安全性能或行驶稳定性时，违规性质更为严重。

二、如何处罚

1. 处罚依据：对于违规改装电动自行车的行为，市场监管部门将依据相关法律法规进行处罚。具体处罚依据可能包括《中华人民共和国产品质量法》、《广州市非机动车和摩托车管理规定》或《北京市非机动车管理条例》等。

2. 处罚措施：

   • 没收非法车辆：市场监管部门有权没收非法改装或加装的电动自行车。
   • 罚款：根据违规情节的严重程度，市场监管部门可以对违规者处以罚款。罚款金额可能因地区而异，但通常包括每辆非法车辆一定金额的罚款，或者无法查清非法车辆数量时的固定金额罚款。例如，在广州市，根据《广州市非机动车和摩托车管理规定》第四十五条第一款，生产、销售拼装、非法加装、改装的非机动车的，可以并处非法车辆每辆二千元的罚款；无法查清非法生产、销售车辆数量的，处一万元以上五万元以下罚款。而在北京市，根据相关案例，罚款金额可能更高，如某公司因违规改装电动自行车被罚款5万元。

三、建议

1. 遵守法规：为了避免不必要的法律风险和安全隐患，建议您严格遵守当地的电动自行车管理规定，不要进行任何违规的改装或加装行为。

2. 咨询当地部门：如果您对电动自行车的改装或加装行为有疑问，或者想了解具体的法规要求，建议您咨询当地的市场监管部门或交通管理部门，以获取准确的信息和指导。

3. 选择正规渠道：如果您需要更换电瓶或进行其他维修保养服务，请选择正规的维修渠道和合格的配件，以确保车辆的安全性能和行驶稳定性。

综上所述，电瓶车后备箱装电瓶是否违规以及如何处罚，取决于具体的改装行为是否违反了当地的相关法律法规。为了遵守法规并确保安全，建议您不要进行任何违规的改装或加装行为。