结论：在不正规的按摩店进行正规按摩并留有微信转账记录，确实存在被误会的风险，但具体是否会被误会以及误会后的法律后果，需结合多种因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、误会风险的存在性

1. 场所性质的影响：不正规的按摩店往往因经营不规范、存在违法违规行为（如提供色情服务）而备受关注。在这样的场所消费，即使你进行的是正规按摩，也可能因场所的负面形象而引发误会。

2. 转账记录的解读：微信转账记录作为消费凭证，本身并不直接证明服务的性质。然而，在缺乏其他证据（如正规发票、服务合同等）的情况下，转账记录可能被误解为与不正规服务相关的支付。

二、误会后的法律后果及应对

1. 若被误会涉及违法活动：

   • 法律后果：如果你被误会涉及色情服务等违法活动，可能会面临公安机关的调查询问。若调查证实你并未参与违法活动，则不会受到法律处罚；但若调查过程中你无法提供充分证据证明自己的清白，可能会面临一定的法律风险，如被错误拘留或罚款等（尽管这种情况较为罕见，但仍需警惕）。
   • 应对建议：在接受调查时，保持冷静，如实陈述事实，并提供相关证据（如正规按摩的预约记录、服务内容描述、店内监控录像等）以证明自己的清白。同时，可以要求公安机关依法进行调查，保护自己的合法权益。

2. 若误会导致名誉受损：

   • 法律后果：如果误会导致你的名誉受损，如被他人恶意传播不实信息、诽谤等，你可以依法追究侵权人的法律责任，要求其停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等。
   • 应对建议：收集并保存相关证据（如聊天记录、社交媒体截图、证人证言等），及时向公安机关报案或向法院提起诉讼，维护自己的名誉权。

三、降低误会风险的建议

1. 选择正规场所消费：尽量避免在不正规的按摩店消费，选择具有合法经营资质、口碑良好的正规按摩店进行消费。

2. 保留完整消费凭证：在消费时，要求商家提供正规发票或收据等消费凭证，并妥善保存。这些凭证可以作为证明你消费行为合法性的重要证据。

3. 增强自我保护意识：在消费过程中，注意保护个人隐私和安全，避免与商家或服务人员发生不必要的纠纷。如遇可疑情况或违法行为，及时报警并寻求法律帮助。

总结：在不正规的按摩店进行正规按摩并留有微信转账记录，确实存在被误会的风险。但通过选择正规场所消费、保留完整消费凭证以及增强自我保护意识等措施，可以有效降低这种风险。若不幸遭遇误会或法律纠纷，请保持冷静并依法维护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。