关于取保候审保证金交了45000元却只退5000元的情况，这通常是不正常的，可能存在以下几种原因：
保证金被部分没收：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反取保候审的规定，如未经执行机关批准离开所居住的市、县，或者传讯时不到案等，执行机关可以没收部分或者全部保证金。
- 若你或你的亲友在取保候审期间有违反规定的行为，那么保证金被部分没收是可能的。这种情况下，没收的部分将不会退还，而剩余的部分（如你提到的5000元）则会被退还。
保证金计算或退还过程中的错误：
- 另一种可能是，在计算或退还保证金的过程中出现了错误。这可能是由于工作人员的疏忽或系统错误导致的。
- 如果你认为保证金退还的金额有误，你可以向执行机关提出异议，并要求他们重新核实和计算。如果确认是错误，执行机关应当及时纠正并退还多收的保证金。
存在其他法律程序或费用扣除：
- 在某些情况下，保证金可能还需要用于支付其他法律程序中的费用，如罚款、赔偿等。然而，这种情况通常会在取保候审决定书中明确说明，并且需要得到你的同意。
- 如果你没有被告知保证金将被用于支付其他费用，或者你没有同意这样的扣除，那么这种扣除可能是不合法的。你可以向执行机关提出质疑，并要求他们提供相关的法律依据和扣除明细。
针对这种情况，我建议你采取以下措施：
- 首先，与执行机关沟通：了解保证金退还金额的具体原因，要求他们提供详细的扣除明细和法律依据。
- 其次，如果认为存在错误或不当扣除：你可以向执行机关的上级机关或者相关的监督机构提出申诉，要求他们进行调查和纠正。
- 最后，如果问题无法得到解决：你可以考虑寻求法律援助或者咨询专业律师，以维护你的合法权益。
取保候审保证金的管理和退还应当严格遵守法律规定，确保公正、透明和合法。如果你对保证金退还的金额有疑问或不满，不要犹豫，及时采取行动来维护自己的权益。如果你还有其他关于刑事案件的问题，可以直接向我咨询。