您好，关于超市虚开发票的处理问题，这是一个涉及税务法规的重要事项，我会为您详细解答。
首先，我们需要明确虚开发票的定义。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票主要包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
对于取得的虚开发票，税务处理上是非常严格的。一般来说，不得抵扣进项税款或办理出口退税。如果购货方已经抵扣了进项税款或者取得了出口退税，那么这些税款应依法被追缴。这是为了维护税收的公平性和国家的税收利益。
然而，也存在一种特殊情况，即“善意取得虚开发票”。根据国家税务总局的相关规定，如果购货方与销售方存在真实的交易，且销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票上的所有内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是非法获得的，那么对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但即便如此，购货方仍需按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；如果已经抵扣或退税，则应依法追缴。
为了保障企业的合法权益，我建议您采取以下措施：
加强财务管理：确保企业的财务流程规范，对取得的发票进行严格审核。
利用税务查询渠道：充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票真伪进行查验。
及时拒收不符合规定的发票：如果发现发票存在任何问题，如与实际交易不符、发票信息不完整等，应及时拒收，并不作为财务凭证入账。
积极配合税务机关的调查：如果税务机关对您的发票进行调查或询问，请积极配合，提供必要的资料和解释。
最后，如果您对取得的发票存在异议，或者认为税务机关的处理有误，您可以向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实后，如果符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，您可继续申报抵扣或者重新申报出口退税。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。