结论：在单位欠工资，员工申请劳动仲裁后单位妥协并支付了工资的情况下，员工是否还能继续起诉，需根据具体情况来判断。以下是几种可能的情况及对应的法律分析：

1. 员工对仲裁结果无异议且单位已履行：

   • 若员工对劳动仲裁的结果表示满意，且单位已经按照仲裁裁决支付了欠付的工资，那么在这种情况下，员工通常没有继续起诉的必要。因为仲裁裁决已经生效，且单位已经履行了支付义务，员工的权益已经得到了保障。

2. 员工对仲裁结果有异议：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，员工对仲裁裁决不服的，有权在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。例如，若员工认为仲裁认定的拖欠工资数额低于自己主张的数额，或者认为仲裁裁决在程序上存在瑕疵等，均可在此期限内提起诉讼。
   • 举例：假设员工主张单位拖欠其工资共计2万元，但仲裁裁决仅认定单位拖欠1万元，并据此作出了裁决。若员工对这一裁决结果不服，认为仲裁认定的数额有误，那么员工可以在收到裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼，要求单位支付剩余的1万元工资。

3. 单位对终局裁决有异议并申请撤销：

   • 对于小额工资争议（即追索劳动报酬不超过当地月最低工资标准十二个月金额的争议），劳动仲裁实行终局裁决。但若单位有证据证明终局裁决存在适用法律错误、无管辖权、违反法定程序、证据伪造、隐瞒关键证据或仲裁员不当行为等情形，可在收到仲裁裁决书之日起三十日内向中级人民法院申请撤销裁决。若裁决被撤销，单位可在收到裁定书之日起十五日内向法院提起诉讼。不过，这一情形主要涉及单位的权利，与员工是否继续起诉无直接关系，但员工需关注裁决的撤销情况，因为若裁决被撤销，可能意味着其权益需通过新的诉讼程序来重新确认。

4. 非终局裁决单位不服并提起诉讼：

   • 对于不属于终局裁决的案件，若单位对仲裁裁决不服，同样可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼。然而，这并不影响员工已经获得的仲裁裁决的效力（除非裁决被法院撤销或变更）。若单位提起诉讼，员工需积极应诉，以维护自己的合法权益。但在此情况下，员工是否继续“起诉”并非指主动提起新的诉讼，而是指在单位提起的诉讼中作为被告进行应诉。

建议：

• 若员工对仲裁结果无异议且单位已履行支付义务，建议员工不再继续起诉，以节省时间和精力。
• 若员工对仲裁结果有异议，或认为仲裁裁决在程序上存在瑕疵等，建议员工在收到裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、仲裁裁决书等，以便在需要时提供证明。

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