在合同签订过程中，确保双方盖章的有效性是至关重要的，它直接关系到合同的法律效力和双方的权益。以下是对双方合同怎么盖章才有效的详细解答：
一、盖章的基本原则
合法有效印章：必须使用经过法定程序刻制并备案的印章，如公司的公章或合同专用章。这些印章具有法律效力，能够代表公司的意志。避免使用私刻或未经备案的印章，以免引发法律纠纷。
清晰可辨：印章必须清晰、完整，能够准确识别出印章上的单位名称或其他标识。模糊不清或残缺的印章可能影响合同的效力，甚至导致合同无效。
位置恰当：印章应盖在合同的签名处或骑缝处。签名处盖章能够明确表示双方对合同内容的认可和接受；骑缝章则有助于防止合同被替换或篡改，增加合同的安全性。
二、不同主体的盖章要求
公司或组织：
- 应加盖公司的公章或合同专用章。公章是公司处理内外部事务的印鉴，具有最高的法律效力；合同专用章则专门用于签订合同，同样具有法律效力。
- 若法定代表人亲自签署合同，也可以选择加盖其名章，但通常建议同时加盖公章以增强合同的正式性和权威性。不过，仅有法定代表人签字而未盖章，若签字真实且代表公司意愿，合同通常也有效。
分支机构或内设部门：
- 分支机构（如分公司）若已领取营业执照，一般视为有独立的缔约能力，可以加盖自己的公章签订合同。但重大事项或超范围时，可能需要总公司追认或加盖总公司公章。
- 内设部门（如项目部）通常不具备独立法人资格，其盖章行为可能被视为代理行为。因此，需要得到公司的明确授权或追认才有效，并应附有效授权委托书。
自然人：
- 自然人一般不需要盖章，签字即可生效。签字是自然人表达意愿和确认合同内容的最直接方式。
- 如果自然人有个人名章且该名章已在相关机构备案，也可以选择盖章作为确认方式之一。但在大多数情况下，签字更为常见和便捷。
三、特殊情况下的盖章注意事项
电子合同：
- 电子合同的盖章可以采用电子签名的形式。根据《中华人民共和国电子签名法》的规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。
- 使用电子签名时，应确保其符合法律规定的可靠性和安全性要求，如采用数字证书、时间戳等技术手段进行验证和保护。
多页合同：
- 对于多页合同，除了在落款处盖章外，还应加盖骑缝章。骑缝章能够确保合同的每一页都被盖章覆盖，防止合同被替换或篡改。
四、盖章无效的情形及风险防范
盖章无效的情形：
- 未按照约定或法定的方式、位置盖章。
- 印章虚假或伪造。
- 合同存在其他导致无效的情形（如违反法律法规、损害公共利益等）。
风险防范措施：
- 在签订合同前，仔细核对对方的身份信息和印章真伪。可以通过查询企业信用信息公示系统、要求对方提供印章备案证明等方式进行验证。
- 明确约定盖章的方式、位置和数量等细节问题。在合同中可以明确规定“双方加盖公章并法定代表人签字后生效”等条款。
- 对于重要合同，可以考虑采用公证、见证等方式增强合同的效力和可信度。公证和见证能够提供更强的法律保障和证据支持。
综上所述，双方合同盖章的有效性涉及多个方面，包括使用合法有效印章、清晰可辨、位置恰当等基本原则，以及不同主体的盖章要求、特殊情况下的盖章注意事项和风险防范措施。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规和规范要求，以确保合同的有效性和合法性。