笔迹鉴定的样本并不必须需要双方确认。在笔迹鉴定的过程中，无论是自行委托鉴定还是在诉讼中申请鉴定，法律均有相应规定来保障当事人的权利，并确保鉴定的公正性和准确性。以下从不同情况为您详细分析：

一、自行委托鉴定的情况

当事人有权自行收集相关的笔迹样本等鉴定材料，并选择具有资质的鉴定机构进行笔迹鉴定。此过程无需经过对方当事人的同意。但需要注意的是，由于是一方自行委托，对方当事人可能会对鉴定结果的公正性、客观性提出质疑。因此，自行委托的鉴定意见在诉讼中通常被视为一般的证据材料，其证明力需由法院结合其他证据综合判断。

举例说明：假设甲怀疑乙伪造了其签名，甲可以自行收集乙的笔迹样本（如乙之前的签名文件），并选择一家有资质的鉴定机构进行笔迹鉴定。这一过程中，甲无需得到乙的同意。

二、诉讼中申请鉴定的情况

1. 启动程序：

   • 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，当事人在诉讼过程中可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。
   • 申请鉴定后，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；若协商不成，则由人民法院指定。

2. 对方拒绝配合的后果：

   • 如果一方当事人申请笔迹鉴定，而另一方无正当理由拒绝提供比对样本或配合鉴定，这可能会对其产生不利的法律后果。
   • 根据相关法律规定，如果控制书证的当事人无正当理由拒不提交书证，人民法院有权认定对方当事人所主张的书证内容为真实。在笔迹鉴定中，如果对方持有比对样本却拒绝提供，法院将结合案件的其他证据和具体情况，可能作出对其不利的事实认定。

举例说明：在甲乙的合同纠纷中，甲申请对合同上的乙的签名进行笔迹鉴定。乙虽然持有其真实的签名样本，但拒绝提供。此时，法院可能会根据其他证据和具体情况，认定合同上的签名并非乙所签，从而对乙产生不利的法律后果。

三、最佳实践与建议

• 尽管法律并未规定笔迹鉴定必须经过对方同意，但为了确保鉴定的公正性和准确性，最好是在双方同意的情况下进行，并共同选择有资质的鉴定机构。
• 如果一方对鉴定结果有异议，可以申请重新鉴定或要求鉴定人出庭接受质询，以进一步确保鉴定的准确性和公正性。

综上所述，笔迹鉴定样本的提交并不绝对依赖于对方的同意。无论是在自行委托还是诉讼中申请鉴定的情况下，法律都有相应的规定来保障当事人的权益。然而，为了最大化鉴定的公正性和准确性，建议双方在可能的情况下尽量达成一致，并共同选择有资质的鉴定机构进行鉴定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。