存在关联交易的合同，在符合一定条件下，是可以进行技术合同认定登记的。以下是对这一问题的详细分析：

一、技术合同认定登记的基本条件

技术合同认定登记是科技管理部门对技术合同进行审核、确认并登记备案的过程，旨在保护技术交易双方的合法权益，促进技术成果的转化和应用。根据相关规定，技术合同应当具备以下基本条件：

1. 合同标的明确：技术合同的标的应当是技术开发、技术转让、技术咨询或技术服务等技术成果或技术服务。
2. 合同内容合法：合同内容应当符合法律法规的规定，不得违反国家强制性规定或公序良俗。
3. 合同双方具备相应资质：合同双方应当具备签订和履行技术合同的能力和资质。

二、关联交易对技术合同认定登记的影响

关联交易是指关联方之间发生的转移资源或义务的事项。在技术合同领域，关联交易可能涉及技术成果的转让、许可使用等。关联交易本身并不直接决定技术合同能否进行认定登记，关键在于关联交易是否满足技术合同认定登记的基本条件，以及是否存在利用关联关系损害国家、集体或第三方利益的情况。

1. 满足基本条件：如果关联交易的技术合同标的明确、内容合法、双方具备相应资质，且交易价格公允、合理，没有损害国家、集体或第三方利益，那么该合同是可以进行技术合同认定登记的。
2. 存在损害利益情况：如果关联交易的技术合同存在利用关联关系损害国家、集体或第三方利益的情况，如交易价格明显偏离市场公允价值、交易条件不公平等，那么该合同可能无法通过技术合同认定登记，甚至可能面临法律风险。

三、实际操作中的注意事项

1. 合同条款的明确性：在签订关联交易的技术合同时，应当确保合同条款明确、具体，避免模糊不清或存在歧义。
2. 交易价格的公允性：交易价格应当公允、合理，符合市场规律。如果交易价格明显偏离市场公允价值，可能需要提供合理的解释或证明。
3. 合规性审查：在签订关联交易的技术合同前，应当进行合规性审查，确保合同内容符合法律法规的规定，不存在违法违规的情况。
4. 备案登记：符合条件的技术合同应当及时进行备案登记，以便享受相关政策优惠和保护。

四、法律后果

如果关联交易的技术合同无法通过技术合同认定登记，可能无法享受相关政策优惠和保护，如税收减免、资金扶持等。同时，如果关联交易存在违法违规的情况，还可能面临法律责任和处罚。

总结来说，存在关联交易的合同在满足技术合同认定登记的基本条件且不存在损害国家、集体或第三方利益的情况下，是可以进行技术合同认定登记的。在实际操作中，应当注意合同条款的明确性、交易价格的公允性、合规性审查以及备案登记等事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。