组织卖淫过程中，若男性组织者被查出患有性病，其判决需根据具体犯罪情节及法律规定综合判定，可能涉及组织卖淫罪与传播性病罪的数罪并罚。以下从不同角度详细分析：

一、组织卖淫罪的基本判决

根据《中华人民共和国刑法》第三百五十八条的规定，组织卖淫罪是指以招募、雇佣、强迫、引诱、容留等手段，控制多人从事卖淫的行为。对于组织卖淫罪的判决，主要依据以下因素：

1. 组织卖淫的人数：组织卖淫的人数越多，情节越严重，判决通常也会越重。
2. 组织卖淫的情节：如是否使用暴力、胁迫等手段，是否造成严重后果等，都会影响判决结果。
3. 犯罪主体的身份：对于组织卖淫的首要分子，即策划、指挥、领导卖淫活动的人，判决通常会更重。

一般情节下，组织卖淫罪可处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。

二、传播性病罪的认定与判决

若男性组织者在组织卖淫过程中，明知自己患有梅毒、淋病等严重性病而卖淫、嫖娼的，还可能构成传播性病罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百六十条的规定，传播性病罪是指明知自己患有梅毒、淋病等严重性病卖淫、嫖娼的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。

在认定传播性病罪时，需注意以下几点：

1. 明知自己患有性病：这是构成传播性病罪的主观要件，即犯罪嫌疑人必须明知自己患有性病而仍然进行卖淫、嫖娼活动。
2. 实施了卖淫、嫖娼行为：这是构成传播性病罪的客观要件，即犯罪嫌疑人必须实施了卖淫、嫖娼行为。
3. 性病种类：并非所有性病都构成传播性病罪，只有梅毒、淋病等严重性病才构成此罪。

三、数罪并罚的情况

若男性组织者同时构成组织卖淫罪和传播性病罪，根据《中华人民共和国刑法》第六十九条的规定，将实行数罪并罚。即根据两个罪名的判决结果，综合确定最终的刑罚。

数罪并罚时，判决结果通常会比单一罪名更重。具体判决结果需根据犯罪情节、社会危害程度、犯罪嫌疑人的认罪态度等因素综合判定。

四、特殊情况下的判决

1. 情节轻微的情况：若犯罪情节轻微，如组织卖淫人数较少、未造成严重后果等，且犯罪嫌疑人认罪态度较好，可能从轻或减轻处罚。
2. 累犯或再犯的情况：若犯罪嫌疑人曾因组织卖淫罪或传播性病罪被判处刑罚，在刑罚执行完毕或者赦免以后，五年以内再犯应当判处有期徒刑以上刑罚之罪的，是累犯，应当从重处罚。

在实际案件中，判决结果需由法院根据具体证据和法律规定综合判定。若您或您身边的人涉及此类案件，建议及时向我咨询，以便获取更具体的法律建议。