员工因违纪被辞退时，补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律基础与定义

1. 应发工资：指的是员工在正常工作时间内，按照劳动合同约定或国家规定应当获得的全部工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。
2. 实发工资：则是员工实际收到的工资，它可能因各种扣除（如社保、公积金、个人所得税等）而少于应发工资。

二、补偿金计算依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，当员工因违纪被辞退时，如果用人单位需要支付经济补偿金，其计算基数通常是员工的应发工资。这是因为经济补偿金旨在补偿员工因劳动关系终止而可能遭受的损失，因此应当以员工在正常工作状态下应得的全部工资为计算基础。

三、具体计算方式

经济补偿金的计算通常遵循以下原则：

• 工作年限：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
• 月工资标准：这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且按照应发工资计算。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

四、特殊情况说明

• 违纪严重性：如果员工的违纪行为严重到构成违法或严重违反用人单位规章制度，用人单位有权解除劳动合同且无需支付经济补偿金。但在此情况下，若用人单位仍选择支付补偿金（如出于人道主义考虑），其计算基数同样应遵循应发工资的原则。
• 合同约定：虽然劳动合同中可能约定了经济补偿金的计算方式，但该约定不得违反法律法规的强制性规定。如果合同约定的计算基数低于应发工资，该约定可能因违法而无效。

五、实际操作建议

• 保留证据：员工在离职前应保留好与工资相关的所有证据，如工资条、银行流水等，以便在需要时证明自己的应发工资水平。
• 协商与诉讼：如果员工对用人单位计算的经济补偿金有异议，可以首先尝试与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，员工因违纪被辞退时，补偿金的计算基数是应发工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。