针对“违建和合法房屋融为一体”的情况，核心处理原则是：需通过法律程序对违建部分进行认定与处置，同时保障合法房屋的权益不受非法侵害。具体处理方式需结合违建的性质、形成原因及当地政策综合判断，以下分情况说明：
1. 违建部分可独立区分时
若违建部分（如加建的阳台、阁楼、附属房等）在物理结构或功能上可与合法房屋明确区分，处理方式如下：
- 行政程序：由城乡规划部门或城管部门依法认定违建性质，出具《责令限期拆除决定书》，要求业主自行拆除或强制拆除。合法房屋部分不受影响，但需注意拆除过程中不得损害合法结构的完整性。
- 司法程序：若业主对行政决定不服，可提起行政复议或行政诉讼，由法院审查违建认定的合法性。若法院维持行政决定，违建部分仍需拆除。
- 权益保障：合法房屋的产权登记、交易、抵押等权利不受违建部分影响，但需在相关文件中注明“部分建筑未取得规划许可”。
2. 违建与合法房屋完全融合时
若违建部分与合法房屋在结构上无法分离（如整体加层、扩建导致承重结构混同），处理方式需更谨慎：
- 整体认定违建：若扩建部分未取得规划许可，且拆除后合法房屋将丧失基本使用功能（如承重墙被改动），可能面临整体认定为违建的风险。此时需通过补办规划手续（如缴纳罚款、补办许可证）或限期整改（如恢复原状）争取保留部分建筑。
- 部分保留与补偿：若违建部分与合法房屋功能紧密关联（如扩建的厨房与原房屋连通），可尝试与行政部门协商，通过补办手续或缴纳罚款后保留部分建筑，但需符合当地规划要求。
- 强制拆除风险：若违建部分严重影响规划或存在安全隐患，且无法通过整改补救，行政部门可能依法强制拆除，导致合法房屋部分受损。此时业主可要求行政部门在拆除前制定保护方案，或通过司法程序主张赔偿。
3. 历史遗留问题处理
若违建形成于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且符合当时政策（如“一户一宅”原则），可尝试通过以下途径解决：
- 补办手续：向当地规划部门申请补办建设工程规划许可证，需提供土地权属证明、建筑图纸等材料，并缴纳罚款或配套费。
- 确权登记：若违建部分符合当地“历史遗留问题处理政策”，可申请将违建部分纳入合法产权范围（如农村宅基地超建部分按实际面积确权）。
- 政策限制：若当地政策明确禁止历史违建补办手续，则仍需按现行规定处理，但可能给予更长的整改期限或减免部分罚款。
4. 法律风险提示
- 行政处罚风险：违建业主可能面临罚款、限期拆除、没收实物或违法收入等处罚，且处罚记录可能影响个人信用。
- 交易风险：违建房屋无法办理产权过户、抵押登记等手续，买受人可能因合同无效主张赔偿。
- 强制执行风险：若业主拒不履行拆除义务，行政部门可申请法院强制执行，费用由业主承担。
建议行动：
- 立即委托专业机构对房屋进行测绘，明确违建与合法部分的界限；
- 向当地规划部门申请违建认定，了解具体处罚政策；
- 根据认定结果，选择补办手续、整改或拆除方案；
- 若涉及行政争议，及时提起复议或诉讼，避免错过救济期限。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。