结论：法人帮助朋友申请注册公司后，自己的公司成为关联公司，这通常是由于在注册过程中或后续经营中，两家公司之间形成了特定的关联关系，如股权控制、实际控制人相同、高管交叉任职等。这种关联关系的形成可能基于多种原因，包括但不限于法人直接或间接持有新注册公司的股份、法人作为新注册公司的实际控制人、或两家公司在业务、财务等方面存在紧密联系。

分析角度一：股权控制关系

1. 直接持股：如果法人在帮助朋友注册公司时，直接或通过其关联方（如家庭成员、其他公司等）持有新注册公司的股份，那么根据《公司法》及相关规定，这两家公司就构成了关联关系。这种关联关系是基于股权控制而形成的，是关联公司最常见的一种形式。

2. 间接持股：即使法人没有直接持有新注册公司的股份，但如果其通过其他公司或实体间接控制新注册公司（例如，法人持有A公司股份，A公司又持有新注册公司股份），那么这两家公司同样构成关联关系。

分析角度二：实际控制人相同

• 如果法人虽然不是新注册公司的直接股东，但通过协议、安排或其他方式实际上控制着新注册公司的经营决策、财务决策等重大事项，那么这两家公司也构成关联关系。这种关联关系是基于实际控制而形成的，可能不涉及股权的直接持有。

分析角度三：高管交叉任职

• 如果法人在自己的公司担任高管职务，同时又在新注册公司担任相同或类似的职务，或者法人的亲属、关联方在新注册公司担任高管职务，且这种任职关系对两家公司的经营决策产生实质性影响，那么这两家公司也可能被视为关联公司。

分析角度四：业务、财务等紧密联系

• 除了上述基于股权、实际控制或高管任职的关联关系外，如果两家公司在业务上存在紧密的合作关系（如供应链上下游关系、共同研发新产品等），或者在财务上存在紧密的联系（如资金拆借、共同投资等），那么这两家公司也可能被视为关联公司。

法律建议：

1. 审查关联关系：法人应首先审查自己与新注册公司之间是否存在上述关联关系。如果存在，应进一步评估这种关联关系对自己公司可能产生的影响，包括但不限于税务、财务、法律等方面的风险。

2. 合规经营：如果确认存在关联关系，法人应确保两家公司在经营过程中遵守相关法律法规和监管要求，避免利用关联关系进行不正当交易或损害其他股东、债权人的利益。

3. 咨询专业意见：对于复杂的关联关系或可能涉及的法律风险，法人应咨询专业律师或会计师的意见，以确保合规经营并降低潜在风险。

可能后果：

• 如果法人未妥善处理与新注册公司的关联关系，可能面临税务处罚、法律诉讼等风险。例如，如果利用关联关系进行避税或转移资产，可能被税务机关查处并受到相应处罚；如果关联交易损害了其他股东或债权人的利益，可能面临法律诉讼和赔偿责任。

因此，法人在帮助朋友申请注册公司时，应谨慎处理与新注册公司的关联关系，确保合规经营并降低潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。