结论前置：法人以公司名义借款用于公司经营，在符合法律规定和公司章程的前提下，是合法的，公司需承担还款责任；若存在违法情形或借款实际用于个人目的，则可能面临法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、合法借款的情形
构成表见代理或公司追认：
- 若法人以公司名义借款，且出借人有合理理由相信法人有权代表公司（如出示了公司授权文件、公章等），根据《民法典》第一百七十二条，即使法人实际上没有代理权，该借款行为也有效，视为公司借款。
- 若法人借款时没有明确的授权，但公司在事后通过正式决议（如董事会决议、股东会决议）对该借款行为进行了追认，根据《民法典》第一百七十一条，该借款也被认定为公司借款。
借款实际用于公司经营：
- 如果法人以公司名义借款，并且所借款项确实用于公司的经营活动（如购买设备、支付工资等），且这一事实能够得到充分证明，那么该借款通常被视为公司债务。在此情况下，公司需承担还款责任。
二、非法借款的情形
法人个人行为：
- 法人作为独立民事主体，其个人行为与公司行为相互独立。如果法人以个人名义借款，且没有明确证据表明借款与公司有关，即使后续款项被用于公司经营，也一般先认定为法人个人借款。公司在此情况下不承担直接还款责任。但若法人将公司借款用于个人用途，可能构成挪用资金罪，根据《刑法》第二百七十二条，将面临刑事处罚。
无法证明用于公司经营：
- 主张借款为公司借款的一方需承担举证责任。如果无法提供充分证据证明借款用于公司经营活动，那么该借款难以被认定为公司借款。出借人或借款人需保留相关证据（如公司财务入账记录、采购合同等）以证明借款的实际用途。
三、借款协议的重要性
- 无论法人是以个人名义还是公司名义借款，借款协议都是至关重要的。它应明确规定借款的用途、还款方式、还款期限等关键条款，以保护双方权益。在签订借款协议时，建议咨询专业法律人士，以确保协议的合法性和有效性。
四、责任承担与法律后果
公司责任：
- 在借款行为有效且用于公司经营的情况下，公司作为借款人承担直接的还款责任，以其全部财产对该债务负责。若公司未能按时还款，债权人可通过民事诉讼等法律途径要求公司履行还款义务。
法人责任：
- 一般情况下，法人正常履职以公司名义借款，个人无需对公司债务承担责任。但若法人存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务、严重损害公司债权人利益的行为，如将公司借款用于个人挥霍导致公司财产与个人财产混同，法人需对公司债务承担连带责任。此外，如果借款实际上是法人个人使用，公司承担债务后有权向法人追偿。
五、对债权人的保护建议
- 债权人在与公司发生借款关系时，应查看公司的营业执照、公司章程等文件，了解法人的权限范围，确保借款行为符合公司规定。同时，可以要求公司提供股东会或董事会同意借款的决议等文件以降低风险。若公司到期不偿还借款，债权人可以先与公司协商解决。协商不成时，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼并通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，法人以公司名义借款用于公司经营是否合法，取决于借款的名义、借款的实际用途、是否有明确的授权或追认等多个因素。在实际操作中，建议各方在借款前明确借款协议的内容，并咨询专业法律人士以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。