医院合同工由劳务派遣公司代缴保险，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度进行分析：

1. 劳务派遣的合法性基础
   根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行对劳动者的义务，包括签订劳动合同、支付劳动报酬、缴纳社会保险等。因此，若医院与劳务派遣公司签订合法劳务派遣协议，且派遣公司具备劳务派遣资质（需经劳动行政部门许可），则由派遣公司代缴保险属于法定职责履行，合法有效。

2. 社会保险缴纳的法定要求
   《社会保险法》第五十八条规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为职工办理社会保险登记。在劳务派遣关系中，派遣公司作为法律上的用人单位，必须为被派遣劳动者缴纳社保。若医院直接使用派遣员工但未通过派遣公司缴纳，反而可能涉嫌违法用工。

3. 需注意的合规要点

   • 协议约定明确：医院与派遣公司的协议中应明确社保缴纳主体、基数、比例等，避免责任推诿。
     
   • 实际履行合规：派遣公司需按劳动者实际工资水平缴纳社保，不得以最低基数代缴，否则可能面临劳动监察处罚。
     
   • 劳动者权益保障：若派遣公司未依法缴纳，劳动者可向劳动监察部门投诉，或要求派遣公司补缴，甚至解除合同并主张经济补偿。

4. 特殊情形提示
   若医院未与派遣公司签订协议，或派遣公司无资质，则社保缴纳主体可能被认定为医院自身，此时医院需直接承担用人单位责任。此外，若派遣协议约定由医院承担社保费用，仅委托派遣公司代办，需确保资金专款专用，避免被认定为“假派遣、真用工”。

建议：若您是医院方，需审查派遣公司资质及协议条款；若您是劳动者，可要求派遣公司出示社保缴纳证明，或通过社保查询平台核实缴费情况。如有争议，可进一步向我咨询具体维权路径。