纪委只调取部门某个合同，并不一定直接意味着是在查部门负责人。这一行为可能涉及多种情况和目的，以下从不同角度进行分析：
调查合同本身的问题：
- 纪委可能是在对特定合同进行审查，以确认合同内容是否合法合规，是否存在利益输送、贪污受贿等违法违纪行为。这种情况下，调查的重点在于合同本身，而非特定个人，尽管合同问题可能间接涉及到部门负责人。
调查与合同相关的个人行为：
- 如果纪委怀疑部门负责人在合同签订、执行过程中存在违法违纪行为，如利用职权谋取私利、收受贿赂等，那么调取合同可能是为了收集证据，以进一步调查部门负责人的行为。这种情况下，调查的重点在于部门负责人，但合同只是调查的一个线索或证据来源。
调查部门整体运作或管理问题：
- 纪委还可能通过调取合同来审查部门在合同管理、执行等方面的整体运作情况，以评估部门的管理水平和是否存在系统性问题。这种情况下，调查的重点在于部门的管理和运作，而非特定个人。
其他调查目的：
- 纪委的调查可能还涉及其他目的，如了解部门业务情况、评估部门绩效等。在这些情况下，调取合同可能只是为了获取相关信息，而并非直接针对部门负责人。
法律建议与后果分析：
- 对于部门负责人：如果纪委的调查确实涉及部门负责人，那么部门负责人应积极配合调查，如实说明情况，提供相关证据。如果存在违法违纪行为，应主动承担责任，接受相应的法律制裁。同时，部门负责人也有权要求纪委依法进行调查，保护自己的合法权益。
- 对于部门：部门应建立健全的合同管理制度，确保合同的签订、执行等环节合法合规。在纪委调查时，部门应积极配合，提供必要的协助和支持。如果部门在合同管理方面存在漏洞或问题，应及时进行整改，以避免类似问题的再次发生。
- 对于纪委：纪委在调查过程中应依法进行，确保调查的合法性和公正性。在调取合同等证据时，应遵循相关法律法规的规定，保护当事人的合法权益。同时，纪委也应及时公布调查结果，接受社会监督。
可能涉及的法律后果：
- 如果纪委的调查发现部门负责人存在违法违纪行为，那么部门负责人可能面临党纪政纪处分、刑事责任等法律后果。
- 如果部门在合同管理方面存在漏洞或问题，导致国家利益或公共利益受损，那么部门可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
综上所述，纪委只调取部门某个合同并不一定直接意味着是在查部门负责人。这一行为可能涉及多种情况和目的，需要具体问题具体分析。如果您或您的部门遇到类似情况，建议及时向我咨询，以便更好地了解法律后果和应对策略。