针对您提出的“跑黑车被抓罚款5000元是否合理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“跑黑车”的定义及其法律后果。跑黑车，即未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的行为，这违反了《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定。根据该条例，对于此类违法行为，执法部门有权进行处罚。

关于罚款的具体数额，根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条的规定，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，若没有违法所得或者违法所得不足2万元的，将面临3万元以上10万元以下的罚款。然而，实际罚款数额的确定并非一成不变，而是会根据违法情节的轻重、是否配合调查、是否有前科等多种因素进行综合考量。

现在，我们回到您的问题本身。罚款5000元是否合理，这取决于多个因素：

1. 违法情节的轻重：如果您的跑黑车行为情节较轻，且没有造成严重后果，那么5000元的罚款可能是在执法部门根据具体情况进行裁量后的结果，属于合理范围。但如果您多次违法、情节严重，或者存在其他加重处罚的情形，那么5000元可能只是较低的罚款数额。

2. 是否配合调查：在执法过程中，如果您能够积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据，那么执法部门可能会在罚款数额上给予一定的考虑，从而减轻处罚。

3. 地区差异：不同地区的执法标准和罚款数额可能存在一定差异。因此，5000元的罚款是否合理，还需要结合您所在地区的具体执法标准来判断。

综合建议：

• 如果您认为罚款数额不合理，或者对处罚决定有异议，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在未来的经营活动中，建议您严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动，以免面临法律处罚。
• 如果您对道路运输经营许可的申请流程、条件等有疑问，可以咨询当地道路运输管理机构或相关法律专业人士，以获取更详细的信息和指导。

总之，跑黑车是违法行为，一旦被抓到将面临严厉的法律处罚。罚款5000元是否合理，需要根据具体情况进行综合考量。如果您对处罚决定有异议，可以依法寻求法律帮助。