在行政拆迁协议案件中，关于判决后的申诉时效（这里主要理解为诉讼时效，即提起行政诉讼的期限），我们需要根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关法律规定来详细解析。
一、一般诉讼时效
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条的规定，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这一规定是行政拆迁协议案件中最常见的诉讼时效，适用于大多数情况，包括行政机关单方面解除拆迁协议等情形。例如，若行政机关以某种理由解除拆迁协议，被拆迁人应在知晓该解除行为之日起六个月内提起行政诉讼。
二、特殊诉讼时效
涉及不动产的特殊诉讼时效： 对于因不动产（如房屋、土地等）提起的行政诉讼，法律设定了更长的保护期限。具体来说，自行政行为作出之日起超过二十年的，人民法院将不予受理。在行政拆迁协议案件中，若涉及房屋等不动产的征收、拆除等核心问题，应适用此二十年的最长保护期限。但需注意，如果当事人在二十年内都不知道该行政行为的内容，那么他们的起诉期限就是知道或应当知道该行政行为内容之日起的六个月内，但总期限不得超过从行政行为作出之日起算的二十年。
行政机关未告知起诉期限的情形： 当行政机关作出行政行为时，若未告知公民、法人或其他组织起诉期限，起诉期限将从当事人知道或应当知道起诉期限之日起计算。但从知道或应当知道行政行为内容之日起，最长不得超过一年。这一规定旨在保护当事人的知情权及诉权，确保他们在不知情的情况下也能在合理期限内提起诉讼。
三、诉讼时效的中断与延长
诉讼时效的中断： 在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如当事人提起诉讼、申请仲裁、行政机关同意履行义务等）导致时效中断，那么从中断时起，诉讼时效期间将重新计算。
诉讼时效的延长： 若当事人在六个月内因正当理由（如不可抗力、其他障碍等）无法提起诉讼，他们可以在障碍消除后的十日内向法院申请延长期限。但这一延长必须得到法院的批准，且延长后的期限仍需符合法律规定的上限。
四、建议
由于行政拆迁协议案件的诉讼时效涉及多个方面和特殊情况，且法律条文可能因地区和具体案件而有所差异，因此建议您在遇到此类问题时及时咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和当地法律规定，为您提供准确的法律建议，确保您的权益得到有效维护。
综上所述，行政拆迁协议案件的诉讼时效并非固定不变，而是需根据具体情况和法律规定来判断。在提起诉讼前，请务必了解并遵守相关法律规定，以确保您的诉讼行为合法有效。