您好，关于社会组织变更法人的办理部门，这主要取决于社会组织的类型和层级。不过，我可以先以事业单位法人变更为例，给您详细解释一下相关的办理流程和部门，因为事业单位作为社会组织的一种，其变更流程有一定的参考价值。
对于事业单位法人变更，必须依法前往相应的事业单位登记管理机关办理相关手续。具体来说：
中央级事业单位：应前往中央机构编制委员会办公室所属的事业单位登记管理局办理法人变更登记。
地方各级事业单位：根据属地原则，分别到省、市、县级机构编制部门所属的事业单位登记管理局办理。例如，省级事业单位到省级事业单位登记管理局，市级到市级，县级到县级。
在办理过程中，您需要准备以下主要材料：
提交申请后，登记管理机关将对提交的材料进行严格审核。若审核通过，您将获得准予变更登记的决定，并可以领取新的法人证书。新证书将准确载明变更后的相关信息，作为开展各项业务的合法凭证。
对于其他类型的社会组织（如社会团体、民办非企业单位等），虽然具体的办理部门可能有所不同，但通常也是前往相应的登记管理机关（如民政部门）进行办理。因此，我建议您：
确定社会组织类型：首先明确您的社会组织属于哪一种类型（如社会团体、民办非企业单位、基金会等）。
咨询当地登记管理机关：根据您的社会组织类型和所在地区，咨询当地的民政部门或相关登记管理机关，了解具体的办理流程和所需材料。
准备材料并提交申请：按照登记管理机关的要求准备相关材料，并前往指定地点提交申请。
跟进审核进度：在提交申请后，及时跟进审核进度，并根据登记管理机关的要求进行补正或提供进一步的信息。
领取新的法人证书：审核通过后，前往登记管理机关领取新的法人证书，并办理相关后续手续（如税务、银行等变更）。
希望这些信息能对您有所帮助。如果您有任何进一步的问题或需要更具体的指导，请随时告诉我。