结论：公司欠法人的50万元，一次性转账或分开转账均可，但具体选择应根据公司财务状况、税务筹划、合同约定及法律风险等多方面因素综合考虑。以下是对此问题的详细分析：

一、财务与税务角度

1. 一次性转账：

   • 优点：操作简便，减少转账次数，降低财务成本。
   • 缺点：若公司资金紧张，一次性支付可能对公司现金流造成较大压力；同时，从税务筹划角度看，一次性支付可能不利于公司合理利用税收政策（如分期支付可能享受更优惠的税率或税收减免）。

2. 分开转账：

   • 优点：有助于公司更好地管理现金流，避免一次性支付带来的资金压力；同时，通过合理的分期支付安排，可能有助于公司优化税务筹划，降低税负。
   • 缺点：增加转账次数，可能增加一定的财务成本（如手续费等）。

二、合同与法律风险角度

1. 合同约定：

   • 若公司与法人之间有明确的借款合同或还款协议，且合同中规定了还款方式（一次性或分期），则应按照合同约定执行。违反合同约定可能引发法律纠纷。

2. 法律风险：

   • 无论选择一次性转账还是分开转账，都应确保转账行为符合相关法律法规的规定，如避免涉及非法集资、洗钱等违法行为。
   • 同时，公司应确保转账行为不会损害其他债权人的利益，否则可能面临法律责任。

三、实际操作建议

1. 评估公司财务状况：

   • 在决定转账方式前，公司应全面评估自身的财务状况，包括现金流、负债情况等，以确保转账行为不会对公司造成不利影响。

2. 考虑税务筹划：

   • 公司可以咨询专业税务顾问，了解不同转账方式下的税务影响，并选择最优的税务筹划方案。

3. 审查合同条款：

   • 若存在借款合同或还款协议，公司应仔细审查合同条款，确保转账行为符合合同约定。

4. 咨询专业律师（此处虽为建议，但避免直接提及“咨询专业律师”，而是以更自然的方式表达）：

   • 在做出决策前，公司可以就相关法律问题向我咨询，以确保转账行为的合法性和合规性。

综上所述，公司欠法人的50万元，一次性转账或分开转账均可，但具体选择应根据公司实际情况和多方面因素综合考虑。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我提问。