关于“绿灯变红灯时闯红灯是否会被罚款扣分”的问题，这主要取决于车辆在红灯亮起时的具体位置和行为。以下是对此问题的详细解答：
一、不算违章不扣分的情况
正常停车等待：
- 如果车辆在绿灯期间正常驶入路口，但因交通拥堵无法在红灯亮起前通过路口，且及时停在了停止线以内，这属于正常的停车等待行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十三条，这种情况不算违章，也不会被扣分。
越线但停车等待：
- 在绿灯变红灯的瞬间，如果车辆的前轮或整车已经越过停止线，但由于交通拥堵被迫在路口内停车，且没有继续行驶的行为，这种情况一般也不会被认定为违章。因为闯红灯的判定通常需要三张照片齐备（驶过停止线、路口中间、到达对面路口），而在这种拥堵情况下，电子眼抓拍系统往往无法拍齐这三张照片。
二、可能算违章并扣分的情况
- 越线后继续行驶：
- 如果车辆在绿灯变红灯后，越过停止线并继续行驶，无论是否完全通过路口，都将被视为闯红灯行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，这种行为将被记6分，并依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，处以20元以上200元以下罚款。
三、特别说明
交通法规的解读：绿灯亮时，车辆可以正常通行；红灯亮起时，则禁止车辆通行。但关键在于判断红灯亮起时车辆的位置和行为。如果红灯亮起时车辆已越过停止线且因交通原因无法继续通行，保持停车状态等待交通恢复，则不被视为违法。
实际执法中的考虑：在实际交通执法中，对于是否扣分的判定还会综合考虑多种因素，如交通流量的实际情况、驾驶人的行车意图、是否存在紧急情况等。因此，驾驶人在遇到绿灯变红灯的情况时，应合理判断并采取正确的应对措施。
四、建议
- 为了避免不必要的法律后果和安全隐患，建议驾驶人在遇到绿灯变红灯的情况时，及时观察交通信号灯和路口情况，合理判断并采取正确的应对措施。如果无法及时通过路口，应及时停车等待，确保行车安全。
综上所述，绿灯变红灯时闯红灯是否会被罚款扣分，取决于车辆在红灯亮起时的具体位置和行为。驾驶人应严格遵守交通信号灯指示，确保行车安全。