改装车店的合法性主要取决于其改装行为是否符合相关法律法规的规定。

首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人都不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。这意味着，如果改装车店未经公安交通管理部门允许，擅自对机动车的底盘、发动机、悬挂、变速系统、方向系统、车胎轮毂、车灯、车身颜色喷涂和外观结构等进行改装，或者使机动车的有关技术数据与国务院机动车产品主管部门公告数据不符，那么这些行为都是违法的。

其次，《机动车维修管理规定》第二十二条也明确指出，机动车维修经营者不得擅自改装机动车，不得承修已报废的机动车，不得利用配件拼装机动车。如果改装车店违反这些规定，将面临县级以上道路运输管理机构的责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚，情节严重的还可能被责令停业整顿，甚至构成犯罪的依法追究刑事责任。

此外，从广州市市场监督管理局发布的查处电动自行车非法改装等违法行为案例中，我们也可以看到，对于非法改装电动自行车的行为，市场监管部门会依法进行严厉打击，包括责令停止销售、没收违法所得、罚款等行政处罚。

因此，改装车店本身并不违法，但其改装行为必须严格遵守相关法律法规的规定。如果改装车店在未经允许的情况下擅自改装机动车或电动自行车，或者承修已报废的机动车，那么这些行为就是违法的，将面临法律的制裁。所以，在选择改装车店时，消费者应该选择那些有合法资质、遵守法律法规的店铺进行改装，以确保自己的权益和安全得到保障。