结论前置：一般情况下，超市没有烟草证不会直接处罚员工，但员工可能因参与无证经营行为而承担相应责任。具体分析如下：

1. 责任主体认定
   根据《烟草专卖许可证管理办法》及《无证无照经营查处办法》，无烟草证销售烟草制品的违法主体是实际经营者（如超市所有者或管理者）。若员工仅履行职务行为（如收银、理货），未直接参与经营决策或利益分配，通常不视为违法主体。但若员工以个人名义参与销售、进货或分成，则可能被认定为共同违法人。

2. 员工可能承担的责任

   • 行政责任：若员工明知超市无证仍协助销售，可能被处以警告、罚款（如《烟草专卖法实施条例》规定，无证经营可处违法经营总额20%以上50%以下的罚款）。
     
   • 刑事责任：若销售金额达到5万元以上或违法所得2万元以上，可能构成《刑法》中的“非法经营罪”，员工若为直接责任人员需承担刑事责任。
     
   • 例外情形：若员工能证明自身仅按雇主指令行事且未获利，可能免除或减轻责任。

3. 实务建议

   • 对员工：若发现超市无证经营，应立即停止参与相关行为，并留存工资条、考勤记录等证据证明职务身份。
     
   • 对超市：需尽快申请烟草专卖零售许可证（需满足资金、场地、布局等条件），否则可能面临停业整顿、罚款甚至吊销营业执照的风险。

温馨提示：法律责任需结合具体行为、证据及地方规定综合判断。若您或所在超市涉及此类问题，可直接向我提供细节（如员工参与程度、经营规模等），我将进一步分析风险点。