结论前置：农村村监督主任在征地补偿签字发放有争议的情况下，变相发放补偿款是不合法的行为，必须通过合法途径解决争议后再进行发放。以下是具体分析：
变相发放补偿款的违法性
- 违反法定程序：征地补偿款的发放必须遵循严格的法定程序，包括公示、确认、签字等环节。如果村监督主任在存在争议的情况下变相发放补偿款，就绕过了这些法定程序，属于违法行为。
- 损害村民权益：变相发放可能导致部分村民的合法权益得不到保障，比如应得补偿款被少发、漏发或被他人冒领等。这不仅损害了村民的切身利益，也破坏了农村的和谐稳定。
- 可能构成职务犯罪：如果村监督主任利用职务之便，通过变相发放补偿款的方式谋取私利或为他人谋取不正当利益，还可能构成职务犯罪，如贪污、受贿等。
解决争议的合法途径
- 协商调解：在争议发生后，首先可以尝试通过协商调解的方式解决。村民可以选出代表与村监督主任或相关部门进行沟通，提出自己的诉求和理由，寻求双方都能接受的解决方案。
- 申请行政复议或提起行政诉讼：如果协商调解无果，村民可以向上一级政府部门申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 举报违法行为：如果发现村监督主任存在违法行为，村民可以向相关部门进行举报，如乡镇政府、纪检监察机关等。这些部门会依法进行调查处理，对违法行为进行纠正和惩处。
预防措施与建议
- 加强监督机制：建立健全农村征地补偿款的监督机制，确保发放过程的公开透明和合法合规。可以设立专门的监督小组或委员会，对发放过程进行全程监督。
- 提高村民法律意识：通过宣传教育等方式提高村民的法律意识，让他们了解自己的合法权益和维权途径。这样，在争议发生时，村民就能更加理性地维护自己的权益。
- 完善制度保障：政府和相关部门应完善征地补偿款的发放制度，明确发放程序、标准和责任等，为村民提供更加完善的制度保障。
在遇到此类问题时，村民应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。