针对您提出的“有报备材料但车辆被罚闯禁区该如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，无论车辆是否有报备材料，一旦因闯禁区被处罚，您都需要按照交通管理部门的指示进行处理。闯禁区是违反交通管理规定的行为，即使车辆有报备材料，也不能成为免除处罚的理由。不过，报备材料可能在后续处理中作为您车辆合法行驶或特殊情况的证明，您可以妥善保管并在需要时提供。

处理流程如下：

1. 接受处罚：

   • 您需要携带本人驾驶证、身份证和车辆行驶证原件，前往交通支、大队执法站接受处理。
   • 在执法站，您可以查看违法视频或照片，确认违法行为无误后，接受交通管理部门开具的行政处罚决定书。

2. 缴纳罚款：

   • 在接受处理后十五日内，您需要凭行政处罚决定书到指定的银行（如工商银行等13家银行）缴纳罚款。
   • 如果您已在“交管12123”APP完成注册且成功备案车辆，也可以通过该平台处理车辆违法及缴纳罚款，支持微信、支付宝、云闪付等在线缴纳方式。

3. 注意二次处罚：

   • 特别提醒，如果您驾驶的是大货车，且在被交警纠正和处罚后继续在限行时间或区域行驶，交警在发现后将实施二次处罚。
   • 为了避免二次处罚，您应按照交警的告知提示，将车辆停放至禁行时间结束后离开，或按照由内向外的方向，通过没有禁止载货汽车驶入标志的道路驶出禁行区域。

4. 关于报备材料的说明：

   • 如果您的车辆有报备材料，如进京货运通行证等，请在处理时向交通管理部门说明情况，并提供相关证明材料。
   • 报备材料可能有助于交通管理部门了解您车辆的特殊情况，但在处理闯禁区违法行为时，仍需按照交通管理规定接受处罚。

总结：

即使车辆有报备材料，一旦因闯禁区被处罚，您仍需按照交通管理部门的指示接受处理并缴纳罚款。同时，请特别注意避免二次处罚的情况发生。如果您对处罚有异议或认为存在特殊情况，可以在处理时向交通管理部门提出申诉并提供相关证明材料。希望以上解答能对您有所帮助。