有医疗机构执业许可证的医疗机构配置药品是否违法，需分情况讨论：

1. 合法配置药品的情况

   • 依据规定配置：根据《药品管理法》及相关规定，医疗机构若依据其执业范围和诊疗需要，从合法的药品生产、经营企业购进药品，并按照药品储存、使用的规范进行管理，这是完全合法的。例如，医院根据临床需要，从正规渠道购进抗生素、抗病毒药物等，用于患者的治疗，这是医疗机构的基本职能之一。
   • 特殊药品管理：对于麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品等特殊管理药品，医疗机构需按照国家有关规定进行严格管理，包括专门的采购、储存、使用和销毁程序。只要医疗机构遵守这些特殊规定，配置和使用这些药品也是合法的。

2. 可能违法的情况

   • 超范围配置：如果医疗机构超出其执业范围或诊疗需要，擅自配置药品，或者从非正规渠道购进药品，这就可能构成违法。例如，一个普通诊所未经批准擅自配置并销售注射剂，或者从非法渠道购进假药、劣药，这些都是违法的行为。
   • 违反特殊药品管理规定：对于特殊管理药品，如果医疗机构未按照国家有关规定进行严格管理，如未建立专门的采购、储存、使用和销毁制度，或者未按照规定的程序进行操作，这也可能构成违法。例如，医院未按照规定对麻醉药品进行专人管理、专柜加锁、专用账册等，就可能面临法律责任。
   • 无证配置或销售：如果医疗机构未取得药品经营许可证或相关批准文件，擅自配置或销售药品，这无疑是违法的。例如，一个未取得药品经营许可证的医疗机构擅自生产并销售自制药品，或者将药品销售给非医疗机构或个人，这些都是严重的违法行为。

法律后果与建议：

• 法律后果：对于违法的医疗机构，可能面临警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、吊销执业许可证等行政处罚；情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
• 建议：医疗机构应严格遵守国家有关药品管理的法律法规，确保药品的合法来源、规范储存和合理使用。同时，医疗机构应加强内部管理，建立健全药品管理制度和操作规程，防止药品管理中的漏洞和风险。如果医疗机构在药品配置或使用过程中遇到任何法律问题或疑虑，应及时咨询专业律师或相关监管部门，以确保合法合规运营。

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