综合计算工时制下，加班工资的计算需根据劳动者的实际工作时间、加班类型（工作日延长、休息日、法定节假日）以及小时工资基数来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、加班工资的计算基础

1. 标准工时：在综合计算周期内（如周、月、季、年），员工的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超出部分视为延长工作时间（即加班）。法定标准工作时间通常为每日8小时，每周40小时，即每月约167小时（具体可能因月份天数不同而略有差异）。

2. 法定节假日：无论是否处于综合计算周期内，员工在法定节假日工作的，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资报酬。

二、加班工资的具体计算方法

1. 工作日延长工作时间加班（150%）

   • 计算公式：加班工资 = 小时工资基数 × 150% × 延长工作小时数。
   • 小时工资基数：通常根据劳动合同中约定的工资标准来确定，计算公式为：月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）÷ 8小时。
   • 示例：某员工月工资6000元，在某工作日延长工作时间2小时，则加班工资为：\(6000 \div 21.75 \div 8 \times 150\% \times 2 \approx 103.44\)元。

2. 休息日加班（200%，但需注意综合计算工时制的特殊性）

   • 在综合计算工时制下，休息日加班的处理可能因具体制度而异。若休息日计入正常工作日（即该日工作不视为加班，因为综合计算周期内总工时未超标），则不额外支付加班费；但若休息日工作导致综合计算周期内总工时超标，则超标部分应视为加班，并按照延长工作时间的标准（150%）支付加班费（不过，若该休息日同时为法定节假日，则应按法定节假日加班标准支付）。但通常，在综合计算工时制中，更侧重于区分“延时加班”和“法定假日加班”，休息日若未导致总工时超标，则不单独计算加班费。
   • 若按一般理解（非严格综合计算工时制下的休息日加班，仅作对比说明）：加班工资 = 小时工资基数 × 200% × 休息日加班小时数。
   • 示例（非严格综合计算工时制下）：某员工小时工资基数30元，在某休息日加班8小时，则加班工资为：\(30 \times 200\% \times 8 = 480\)元。

3. 法定节假日加班（300%）

   • 计算公式：加班工资 = 小时工资基数 × 300% × 法定节假日加班小时数。
   • 示例：某员工小时工资基数35元，在某法定节假日加班6小时，则加班工资为：\(35 \times 300\% \times 6 = 630\)元。

三、注意事项

1. 工资基数的确定：工资基数通常根据劳动合同中约定的工资标准来确定。如果劳动合同中有明确约定，则按约定执行；如果没有约定或约定不明确，可由用人单位与员工代表通过集体协商在劳动合同中明确；若仍无法确定，可按员工所在岗位正常出勤的月工资的70%确定，但不得低于最低工资标准。

2. 综合计算周期的考量：在计算加班工资时，需要考虑到综合计算周期内的总实际工作时间和总法定标准工作时间。只有在超出法定标准工作时间的情况下，才需要支付加班工资。

3. 调休的处理：在综合计算工时制下，由于已经考虑了工作时间的灵活性，因此一般不安排调休来替代加班工资。但如果用人单位与员工之间有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也可以按照约定处理。

4. 证据保存：劳动者应妥善保存加班证据，如考勤记录、工作记录等，以备劳动争议时使用。

5. 企业规章制度与合同约定：用人单位与劳动者可在劳动合同中明确加班工资的计算方式，但不得违反法律法规的强制性规定。

总结来说，综合计算工时制下的加班工资计算是一个涉及多方面因素的问题，需要严格遵循相关法律法规，并确保劳动者的合法权益得到保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。