工商局对使用盖挂失作废公章的股权变更材料，通常会不予受理，并可能将相关情况移交公安机关处理，同时企业可能面临行政处罚及承担相应民事、刑事责任。具体分析如下：

工商局的处理方式

1. 不予受理变更申请：公章是企业办理各类事务的重要凭证，具有法律效力。使用挂失作废的公章，意味着该公章已失去合法效力，工商局在审查股权变更材料时，一旦发现公章作废，会认定材料存在瑕疵，不符合法定形式要求，从而不予受理股权变更登记申请。
2. 移交公安机关：使用挂失作废公章的行为可能涉嫌伪造公司印章等违法犯罪行为。工商局在发现此类情况后，有义务将相关线索移交公安机关，由公安机关进行进一步调查处理。

企业可能面临的后果

1. 行政处罚：根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关规定，企业提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，由登记机关责令改正，没收违法所得，并处5万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。使用挂失作废公章进行股权变更登记，可视为提交虚假材料的一种情形，企业可能面临上述行政处罚。
2. 民事责任：如果因使用挂失作废公章进行股权变更，给其他股东、债权人等利益相关方造成损失的，企业及相关责任人可能需要承担民事赔偿责任。例如，其他股东可能因错误的股权变更登记而遭受股权稀释等损失，有权要求企业及相关责任人进行赔偿。
3. 刑事责任：如前所述，使用挂失作废公章的行为可能涉嫌伪造公司印章罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第二款规定，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。如果行为情节严重，构成犯罪的，企业相关责任人将面临刑事处罚。

建议

企业应严格遵守法律法规，妥善保管公章，避免公章丢失或被盗用。一旦发现公章丢失或被盗用，应及时向公安机关报案，并在报纸上刊登公章作废声明。在进行股权变更等重要事项时，应使用合法有效的公章，确保材料的真实性和合法性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。