结论：员工侵占公司一万元配件，合同到期自动解除并不能直接解决侵占问题，公司仍需通过法律途径追究员工责任。同时，合同到期自动解除是否合法有效，需根据具体情况判断。
一、关于员工侵占公司配件的法律责任
员工侵占公司一万元配件的行为，涉嫌构成职务侵占罪或盗窃罪（具体取决于侵占行为的性质和情节）。无论合同是否到期，这种侵占行为都是违法的，公司有权要求员工返还侵占的财物，并可能追究其法律责任。
职务侵占罪：如果员工利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，职务侵占罪的数额较大标准，一般按照一万元至三十万元为起点。因此，员工侵占一万元配件，若符合职务侵占罪的构成要件，公司可以向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
盗窃罪：如果员工并非利用职务上的便利，而是秘密窃取公司财物，数额较大的，则可能构成盗窃罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃罪的数额较大标准，一般按照一千元至三千元为起点。因此，员工侵占一万元配件，若符合盗窃罪的构成要件，公司同样可以向公安机关报案。
二、关于合同到期自动解除的法律问题
合同到期自动解除是否合法有效，需根据合同的具体内容和相关法律法规来判断。
合同约定：如果合同中明确约定了合同到期自动解除的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么合同到期时，双方的权利义务关系自然终止。但需要注意的是，即使合同到期自动解除，也不影响公司追究员工在合同期间内的违法责任。
法律法规：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，劳动合同的解除应当遵循法定程序和条件。如果合同中没有明确约定到期自动解除，或者约定违反了法律法规的强制性规定，那么合同到期时并不能自动解除，而是需要双方协商一致或按照法定程序解除。
三、建议与措施
追究员工责任：公司应尽快收集证据，证明员工侵占配件的事实，并向公安机关报案，要求追究员工的法律责任。同时，公司也可以考虑通过民事诉讼途径，要求员工返还侵占的财物并赔偿损失。
审查合同条款：公司应审查与员工签订的劳动合同，确认合同中是否明确约定了到期自动解除的条款，以及该条款是否合法有效。如果合同条款存在问题，公司应及时与员工协商修改或补充协议。
完善内部管理：公司应加强内部管理，建立健全的财物管理制度和监督机制，防止类似侵占行为再次发生。同时，公司也应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
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