侄女跟姑姑一般情况下不可以直接做亲子鉴定来确定亲子关系，因为她们之间不存在直接的生物学亲子关系。亲子鉴定通常用于确定父母与子女之间的生物学关系，其原理是通过比较DNA序列的相似性来判断是否存在亲子关系。

从生物学角度分析

侄女是兄弟的女儿，而姑姑是父亲的姐妹。侄女与姑姑之间并没有直接的生物学亲子联系，她们的DNA序列相似性并不足以通过亲子鉴定来确认一种直接的亲子关系。亲子鉴定主要依赖于父母与子女之间特定的遗传标记的匹配程度，而侄女与姑姑之间并不具备这种直接的遗传匹配关系。

从法律角度分析

在法律上，亲子鉴定通常用于解决亲子关系的争议，如确认或否认亲子关系、继承权争议等。然而，侄女与姑姑之间的亲子关系并不是法律上需要确认的直接亲子关系。法律上更关注的是父母与子女之间的关系，以及由此产生的权利和义务。因此，从法律角度来看，侄女与姑姑之间进行亲子鉴定并没有直接的法律依据或实际意义。

特殊情况考虑

当然，也存在一些特殊情况，比如家族遗传病的研究、家族历史的追溯等，可能需要了解家族成员之间的遗传关系。但在这些情况下，通常也不会通过亲子鉴定来确定侄女与姑姑之间的关系，而是会采用其他更合适的遗传学方法或家族研究方法。

总结与建议：

侄女与姑姑之间不存在直接的生物学亲子关系，因此一般情况下不可以直接做亲子鉴定来确定亲子关系。如果您有关于家族关系、继承权或其他相关法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。