机动车检测机构违反《检验检测机构监督管理办法》（39号令）第十五条第三款的，将面临警告、罚款等行政处罚，情节严重的可能被撤销资质认定证书。具体分析如下：

1. 处罚依据
   根据《检验检测机构监督管理办法》第十五条第三款规定，检测机构不得出具虚假检验检测报告。若违反该条款，市场监管部门将依据《办法》第二十六条进行处罚。

2. 处罚措施

   • 一般情形：由县级以上市场监管部门责令限期改正，处3万元以下罚款。
     
   • 情节严重情形：若存在多次违法、造成严重后果或拒不改正等情形，处罚将升级为3万元以上10万元以下罚款，并可能撤销资质认定证书。
     
   • 构成犯罪情形：若违法行为涉及伪造数据、出具虚假报告等，可能触犯《刑法》第二百二十九条（提供虚假证明文件罪），依法追究刑事责任。

3. 处罚程序
   市场监管部门将通过现场检查、报告抽查、投诉举报等途径发现违法行为，经调查取证后依法作出处罚决定。检测机构有权陈述申辩或申请行政复议、提起行政诉讼。

建议：检测机构应严格遵守《检验检测机构监督管理办法》第十五条第三款规定，确保检测数据真实、准确。若已面临处罚或存在合规风险，可直接向我咨询具体应对方案。