民营企业若非法制造导弹，将面临严厉的刑事处罚，具体处罚需根据行为性质和情节严重程度判定。以下从不同角度详细分析：
非法制造弹药罪的刑事责任
根据《中华人民共和国刑法》第一百二十五条，非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。导弹属于“弹药”范畴，民营企业若未经国家许可擅自制造，直接负责人和主要实施者将构成此罪，面临严厉刑罚。
关键点：导弹的杀伤力和战略价值远超普通弹药，司法实践中可能被认定为“情节特别严重”，量刑起点更高。
单位犯罪的双重处罚
若民营企业以单位名义实施犯罪，且违法所得归单位所有，根据《刑法》第三十条和第三十一条，单位将面临罚金处罚，同时直接负责的主管人员和其他直接责任人员需承担个人刑事责任。
示例：企业实际控制人决策制造导弹，技术团队具体实施，则企业罚金与个人刑罚（如十年以上有期徒刑）可能并处。
其他关联犯罪的竞合
若制造行为伴随其他犯罪（如非法获取国家秘密、危害国家安全等），将按数罪并罚原则处理。例如，为制造导弹非法侵入军事系统获取技术数据，可能同时构成非法侵入计算机信息系统罪和危害国家安全罪。
情节轻重的认定标准
司法机关会综合考量导弹数量、技术成熟度、用途（如销售、自用或恐怖活动）等因素。例如，制造未达实战标准的试验品可能被认定为“未遂”，但若已具备发射能力，即使未造成实际危害，也可能按“既遂”论处。
建议：若企业涉及军工领域，必须严格遵守《国防法》《武器装备科研生产许可管理条例》等法规，通过合法途径申请资质。如有具体案件或合规需求，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。