占用荒废多年的水利建筑物是否赔偿，需根据具体情况判断，主要看该水利建筑物的权属、占用行为的性质以及是否符合相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、水利建筑物的权属
若水利建筑物属于集体所有：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，集体所有的土地和建筑物受法律保护，任何单位和个人不得侵占、哄抢、私分、破坏。
- 如果占用的是集体所有的水利建筑物，即使该建筑物荒废多年，占用行为仍然可能构成侵权，集体有权要求占用者停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
若水利建筑物属于国家所有：
- 国家所有的水利建筑物同样受法律保护，占用行为需经相关部门批准，否则可能构成违法占用。
- 在这种情况下，占用者可能需要承担行政责任或刑事责任，并赔偿国家因此遭受的损失。
二、占用行为的性质
合法占用：
- 如果占用行为经过了相关部门的批准，且符合土地利用规划和水利设施保护要求，那么这种占用可能是合法的。
- 在合法占用的情况下，通常不需要赔偿，但占用者可能需要按照批准的条件和期限使用水利建筑物，并承担相应的维护和管理责任。
非法占用：
- 如果占用行为未经批准或违反了相关规定，那么这种占用就是非法的。
- 非法占用水利建筑物可能面临行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。同时，如果因此给权属人造成损失，占用者还需要承担赔偿责任。
三、特殊情况考虑
水利建筑物的实际使用状况：
- 即使水利建筑物荒废多年，但如果其仍然具有潜在的使用价值或历史、文化价值，占用行为仍然可能受到限制或禁止。
- 在这种情况下，占用者可能需要与权属人协商，达成补偿协议后才能进行占用。
相关政策或地方性法规：
- 不同地区可能对水利建筑物的保护和管理有不同的规定。
- 在某些地区，可能存在对荒废水利建筑物的特殊处理政策或地方性法规，占用者需要了解并遵守这些规定。
法律建议：
- 在占用任何水利建筑物之前，务必先了解其权属状况和占用行为的合法性。
- 如果水利建筑物属于集体或国家所有，且占用行为未经批准，建议立即停止占用并寻求合法途径解决问题。
- 如果因占用行为给权属人造成损失，应积极协商赔偿事宜，以避免法律纠纷。
可能后果：
- 非法占用水利建筑物可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
- 即使占用行为看似“无害”，但如果违反了相关法律法规或侵犯了他人权益，仍然可能面临法律后果。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。