针对农村集体经济组织不确认成员身份的问题，应当提起行政诉讼而非民事诉讼。以下从多个角度进行分析：

一、法律关系性质

农村集体经济组织成员身份确认，本质上属于行政确认行为。行政确认是指行政主体依法对行政相对人的法律地位、法律关系或有关法律事实进行甄别，给予确定、认定、证明（或证伪）并予以宣告的具体行政行为。在此情况下，农村集体经济组织作为行政主体（或受行政委托的主体），对成员身份进行确认，具有行政行为的特征。

二、诉讼类型选择

1. 行政诉讼：由于成员身份确认是行政确认行为，因此，当农村集体经济组织不确认成员身份时，相关权益受到侵害的公民、法人或其他组织可以依法提起行政诉讼，请求法院审查该行政确认行为的合法性，并作出相应的判决。

2. 民事诉讼的排除：民事诉讼主要解决平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷。而农村集体经济组织成员身份确认问题，涉及的是行政主体与行政相对人之间的法律关系，不属于平等主体之间的民事纠纷，因此，不应通过民事诉讼解决。

三、法律依据

• 《中华人民共和国行政诉讼法》：该法规定了公民、法人或其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益时，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在农村集体经济组织不确认成员身份的情况下，相关权益受到侵害的当事人可以依据该法提起行政诉讼。

• 相关地方性法规或规章：部分地方可能出台了关于农村集体经济组织成员身份确认的具体规定，这些规定也可能明确规定了当成员身份确认发生争议时，应通过行政诉讼途径解决。

四、实践操作建议

1. 收集证据：在提起行政诉讼前，当事人应收集相关证据，如农村集体经济组织的章程、成员名册、确认成员身份的相关文件等，以证明自己的成员身份及农村集体经济组织不确认其成员身份的事实。

2. 咨询专业律师：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议当事人在提起诉讼前咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。

3. 依法提起诉讼：在收集好证据并咨询专业律师后，当事人应依法向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，请求法院审查农村集体经济组织不确认成员身份行为的合法性，并作出相应的判决。

综上所述，针对农村集体经济组织不确认成员身份的问题，应当提起行政诉讼而非民事诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。