结论：农村土地永久互换协议书代签，即使有村里书记当见证人，其合法性仍需根据具体情况判断，主要取决于代签人是否获得合法授权以及协议内容是否符合法律规定。
分析说明：
代签的合法性：
- 合法授权：如果代签人获得了土地使用权人的明确授权，且该授权是真实、合法、有效的，那么代签行为在法律上是被认可的。授权可以通过书面委托书、口头授权（在特定情况下，如紧急情况下，口头授权也可能被接受，但最好有书面记录）或其他方式表达。
- 无合法授权：如果代签人没有获得土地使用权人的合法授权，那么代签行为就是无效的，协议书对土地使用权人不产生法律效力。
见证人的作用：
- 见证人身份：村里书记作为见证人，其身份本身并不直接决定协议书的合法性。见证人的主要作用是证明协议书的签订过程是在双方自愿、平等、公平的基础上进行的，且双方对协议内容有清晰的认识。
- 见证效力：然而，见证人的见证并不能替代合法授权。即使村里书记作为见证人，如果代签人没有获得合法授权，协议书仍然可能因缺乏合法性而被认定无效。
协议内容的合法性：
- 符合法律规定：除了代签的合法性外，协议书的内容也必须符合相关法律法规的规定。例如，农村土地互换必须遵循自愿、有偿、平等、公平的原则，且不得违反土地管理法、农村土地承包法等相关法律法规的强制性规定。
- 永久互换的特殊性：对于“永久互换”这一表述，需要特别注意。在农村土地承包经营权流转中，通常会有一定的期限限制，如承包期内的流转。如果“永久互换”意味着无期限的流转，那么可能涉及对土地承包经营权的根本性改变，需要特别谨慎处理，并确保符合相关法律法规的规定。
法律建议：
- 确保合法授权：如果需要进行农村土地互换，务必确保代签人获得土地使用权人的合法授权，并保留好相关授权文件。
- 审查协议内容：在签订协议书前，务必仔细审查协议内容，确保其符合相关法律法规的规定，特别是关于土地流转期限、流转方式、流转用途等方面的规定。
- 寻求专业法律意见：由于农村土地问题涉及复杂的法律法规和政策规定，建议在签订协议书前咨询专业律师的意见，以确保协议书的合法性和有效性。
后续行动与可能后果：
- 如果协议书合法有效：双方应按照协议书的内容履行各自的义务，享受相应的权利。如果一方违约，另一方可以依法追究其违约责任。
- 如果协议书无效：双方可能需要重新协商并签订新的协议书，或者通过其他方式解决土地互换问题。如果因协议书无效而给一方造成损失的，受损方可以依法要求赔偿。
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