关于厂家补发货时运费由谁承担的问题，这通常取决于具体的合同条款、运输协议以及双方之间的约定。以下是一些一般性的分析和建议，希望能为您提供清晰的解答：
一、合同条款优先
查看合同：首先，您需要仔细查阅与厂家签订的合同或协议，特别是关于运输、补货和费用承担的相关条款。合同中通常会明确规定在何种情况下需要补发货，以及补发货的运费由哪一方承担。
明确约定：如果合同中有明确的约定，比如“因厂家原因导致的补发货，运费由厂家承担”，那么在这种情况下，厂家就需要负责支付补发货的运费。
二、无明确约定时的处理
协商解决：如果合同中没有明确约定补发货的运费承担方，那么双方应该通过友好协商来解决。在协商过程中，可以考虑补发货的原因、责任归属以及双方的实际情况等因素。
参考行业惯例：在协商无果的情况下，可以参考行业内的惯例或类似案例。虽然行业惯例不是法律，但在某些情况下，它可以作为双方协商的参考依据。
三、特殊情况下的处理
厂家责任导致的补货：如果补发货是由于厂家的原因（如产品质量问题、错发漏发等）导致的，那么厂家通常应该承担补发货的运费。
客户责任导致的补货：如果补发货是由于客户的原因（如收货地址变更、拒收等）导致的，那么客户可能需要承担补发货的运费。但这也取决于双方之间的具体约定和协商结果。
四、法律建议
保留证据：在处理补发货运费问题时，双方都应该保留好相关的证据，如合同、运输单据、沟通记录等。这些证据在协商或法律诉讼中可能起到关键作用。
寻求法律帮助：如果双方无法就补发货的运费承担问题达成一致，可以考虑寻求法律帮助。律师或法律机构可以根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
五、实际案例参考
虽然您提供的参考信息中主要涉及的是运输过程中的货损责任和赔偿问题，但其中也提到了运输合同的基本原则和承运人的责任。在补发货的情况下，如果是因为承运人（如物流公司）的原因导致的需要补货，那么承运人可能需要承担相应的责任，包括补发货的运费。但这仍然取决于具体的合同条款和双方之间的约定。
总结：厂家补发货的运费承担问题需要根据具体的合同条款、双方约定以及实际情况来确定。在处理这类问题时，建议双方首先查阅合同条款，进行友好协商，并保留好相关证据。如果无法达成一致，可以考虑寻求法律帮助。